分子标记在遗传育种中的应用

分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质
主要用于遗传标记
如遗传图谱的构建、基因定位、基因克隆、物种亲缘关系鉴别及与人类相关的致病基因的诊断和分析

博凌科为-为你理想的分子标记必须达到以下几个要求：(1)具有高的多态性；(2)共显性遗传,即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型；(3)能明确辨别等位基 因；(4)遍布整个基因组；(5)除特殊位点的标记外,要求分子标记均匀分布于整个基因组；(6)选择中性（即无基因多效性）；(7)检测手段简单、快速 （如实验程序易自动化）；(8)开发成本和使用成本尽量低廉；(9)在实验室内和实验室间重复性好（便于数据交换）.

经典的遗传连锁图利用遗传重组率作为基因间的距离而得到的图谱,这个图谱是估算与统计来的,并不表示实际的物理遗传图,而用DNA标记测序出来的遗传图就是真真实实的基因位置图,精确而且直观,绘制时计算量小,步骤少,但是对条件的硬性要求比较高.

分子标记　(Molecular Markers)　是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平遗传多态性的直接的反映.与其他几种遗传标记——形态学标记、生物化学标记、细胞学标记相比,DNA分子标记具有的优越性有：大多数分子标记为共显性,对隐性的性状的选择十分便利；基因组变异极其丰富,分子标记的数量几乎是无限的；在生物发育的不同阶段,不同组织的DNA都可用于标记分析；分子标记揭示来自DNA的变异；表现为中性,不影响目标性状的表达,与不良性状无连锁；检测手段简单、迅速.随着分子生物学技术的发展,现在DNA分子标记技术已有数十种,广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面.

经典的遗传连锁图利用遗传重组率作为基因间的距离而得到的图谱,这个图谱是估算与统计来的,并不表示实际的物理遗传图,而用DNA标记测序出来的遗传图就是真真实实的基因位置图,精确而且直观,绘制时计算量小,步骤少,但是对条件的硬性要求比较高.

PCR可以在原料核苷酸中加入同位素标记,在生成的产物链上就带有分子标记了
RELP只是限制性内切指定基因组,方法费时、费力,需要进行DNA多种酶切、转膜以及探针的制备等多个步骤,仅对基因组单拷贝序列进行鉴定.
说实话咱家也是现学现卖.

这就要先了解硫细菌的代谢过程了,它们主要是利用了硫化氢,硫化亚铁,或者硫单质中的化学能,也就是说如果要对它的“食物”标记,再用标记后的物质培养硫细菌,这样,物质在硫细菌体内代谢后被吸收,吸收利用后,就可以参与一些物质的构成,如：蛋白质.这样就标记了.不过要注意标记物不易分解,否则就前功尽弃了.哈哈,加油!

1.分子遗传图谱的构建；
2 遗传多样性与种质鉴定
3 重要经济性状相关基因的定位
4 分子标记辅助选择
5 重要经济性状的图位克隆

1 条带的多少要看你检测的位点数目,如果你检测单一位点的话,只会在具有不同多态的个体中检测到大小不同的两个条带,如果是多个位点的话,会产生多个条带.
2 多态性需要电泳后,统计条带的存在与否,构建起0-1矩阵,然后输入软件进行处理.一般使用的popgene.
3 不需要变性.

我也一直没看懂

AFLP
AFLP可分析基因组较大的作物,其多态性很强,利用放射性标记或银染法在变性的聚丙烯酰胺凝胶上可检测到 100~150个扩增产物,因而非常适合绘制品种的指纹图谱及进行分类研究.因此,AFLP技术虽产生不久却倍受青睐,已应用于水稻、大豆、大麦、马铃薯和白菜等多种作物上.研究表明,AFLP产生的多态性远远超过 RFLP和RAPD等技术,因而被认为是指纹图谱技术中多态性最丰富的一项技术.但该技术已申请专利,在生产及商业上的应用受到一定的限制.

显性是指一对相对性状中的显性和隐性,并且只有这里两种形状.
而共显性是指除显性和隐性之外的一种形状,例如某些花卉中,显性纯合子表现出显性形状,隐性纯合子表现出隐性形状,而杂合子则表现出共显性.
Edit by {SG}weitony

你可以用RAPD技术加上变性梯度凝胶电泳来增加精度,而且变性梯度凝胶电泳成本相对较低,跑一次40多个样,大概100多吧.

SSR:微卫星DNA又叫简单重复序列,指的是基因组中由1～6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA,广泛分布于基因组的不同位置,长度一般在200bp以下.研究表明,微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富,而且常常是随机分布于核DNA中.
微卫星中重复单位的数目存在高度变异,这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同,因而造成多个位点的多态性.如果能够将这些变异揭示出来,就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性,基于这一想法,人们发展起了SSR标记.
SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site,简写为STMS,是目前最常用的微卫星标记之一.由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列,因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序,然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增,从而将单个微卫星位点扩增出来.由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异,个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性,这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP),每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因.由于SSR重复数目变化很大,所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性,这就是SSR标记的原理.
与其它分子标记相比,SSR标记具有以下优点：(1)数量丰富,覆盖整个基因组,揭示的多态性高；(2)具有多等位基因的特性,提供的信息量高；(3)以孟德尔方式遗传,呈共显性；(4)每个位点由设计的引物顺序决定,便于不同的实验室相互交流合作开发引物.因而目前该技术已广泛用于遗传图谱的构建〔11,12,18,19,33〕、目标基因的标定〔8,9,21,22,26〕、指纹图〔22〕的绘制等研究中.但应看到,SSR标记的建立首先要对微卫星侧翼序列进行克隆、测序、人工设计合成引物以及标记的定位、作图等基础性研究,因而其开发费用相当高,各个实验室必须进行合作才能开发更多的标记.由于SSR标记具有较大的应用价值,且种属特异性较强,目前在一些主要的农作物中SSR标记研究都进行了合作,共同进行STMS引物的开发.
操作步骤
1、在25μl反应体系中,加入
模板DNA 1μl（20ng）；
SSR引物 1μl（0.15μM）
10×PCR缓冲液 2.5μl
MgCl2 2μl (25mM)
dNTP 2μl (0.2mM)
Tap 酶 1单位
加ddH2O至 25μl
2、反应在PE 9600热循环仪上进行.PCR反应先95℃变性4min,接着94℃ 45s、55℃ 30s和72℃ 60s,35个循环,最后在72℃下延伸5min.PCR扩谱产物在测序电泳仪上用5%聚丙烯酰胺凝胶分离.点样时,样品量为5μl,电泳缓冲液为1×TBE,电泳工作电流50mA,电压1500V,时间约2～3h.DNA染色采用银染法.电泳结束后,凝胶连同胶板一起,经过固定、染色、显影、固定等步骤染色.电泳和银染具体操作与AFLP相似.
3、数据分析：
用BIO-RAD公司的Quantity One 软件统计,再用NTSYS软件计算出遗传相似性系数,用UPGMA法进行聚类分析构建聚类图.

微卫星DNA又叫简单重复序列,指的是基因组中由1～6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA,广泛分布于基因组的不同位置,长度一般在200bp以下.研究表明,微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富,而且常常是随机分布于核DNA中.
微卫星中重复单位的数目存在高度变异,这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同,因而造成多个位点的多态性.如果能够将这些变异揭示出来,就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性,基于这一想法,人们发展起了SSR标记.
SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site,简写为STMS,是目前最常用的微卫星标记之一.由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列,因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序,然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增,从而将单个微卫星位点扩增出来.由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异,个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性,这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP),每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因.由于SSR重复数目变化很大,所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性,这就是SSR标记的原理.
它本身就是重复性多态性,所以不需要用内切酶酶切.