我看了你对“转录组测序与转录表达谱测序的异同”的回答我非常感兴趣,

你确定是两个不同的基因吗?会不会是同一基因的不同的可变剪切类型

测序都是先把序列打成小片段再进行拼接的,拼接过程是需要知道基因组或者EST序列信息的,否则就只能用近源物种的基因组来进行比对了.
功能基因的研究也只是利用生物信息学软件来进行一个功能性的预测.
感觉这些东西总结起来就三个字：不靠谱.但生物就是这样,只能是各种假设各种猜想

这个不会超过1w,一个转录组4G大概8000~9000吧,建库测序加分析

转录组学，是一门在整体水平上研究细胞中所有基因转录及转录调控规律的学科。转录组学的研究对象包括mRNA和非编码RNA等。新一代高通量测序技术可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一个状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记（SNPs或SSR）等生命科学的重要问题。
基因表达谱测序是直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，可以用来研究基因的表达差异情况。该技术结合了转录组测序建库的实验方法，与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，但仅可用于基因表达差异的研究。

应该用转录组.
cDNA包含有该物种的全部转录本,可以便捷的克隆该物种的所需基因,而不必考虑时空表达的差异.
转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段.

目前研究转录组主要包含三种方法：
包括基于Sanger测序法的SAGE （serial analysis of gene
expression）、LongSAGE和MPSS（massively parallel signature
sequencing）；
基于杂交技术的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片；
基于高通量测序技术的转录组测序（RNA-Seq）.
与另两种方法相比,RNA-
Seq具有以下优势：
高灵敏度,检测阈值跨越6个数量级,能检测到细胞中几乎所有的转录本,包括一些只有几个拷贝的稀有转录本,同时能对转录本进行定量；
高准确率,能准确的测定每个转录本的单核苷酸,同时不存在生物芯片的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音的问题；
应用范围广,无需预先设计探针或了解物种的基因信息,即可对任意物种进行转录组测序,同时能发现新的转录本,预测新的基因,检测可变剪切、SNPs、融合
基因等.
所以如果阁下希望进行转录组研究,可以从以上几种方法入手.多看文献,多向前辈请教,假以时日,会成为高手的.如有问题,可以进一步追问.
希望采纳哦
x09

Unigene其实没有一个标准的定义.大体的概念是经过去冗余之后得到的基因序列,这条序列和其他的序列是非冗余的,也就是理论上其他序列都和此序列代表的不是同一个基因.或者是经过聚类后得到的不同的类,类和类之间是非冗余的,每个类可以认为唯一的代表一个基因.不同的去冗余和聚类的方法得到的结果都可以称为unigene.
另外NCBI上也有Unigene的概念,是NCBI用自己的方法对序列进行聚类,它认为每一个类都唯一的代表一个基因,并赋予一个编号：物种名字.数字,比如小麦的一个例子：Ta.191,这也是较常用的Unigene.

看你的问题,估计是用illumina的高通量测序,进行RNA-seq的研究吧.
这个问题其实比较简单：
现在的高通量测序,一般分为单端测序（single-end read）和双端测序（paired-end reads）.
单端测序只测模板DNA的一端,一般有36SE、50SE两种.
而双端测序需要讲模板的两端（3‘ 和 5’）都测序,一般有90PE,100PE两种,你提的问题应该是指：read-pair one 和 read-pair tow,是一个模板的两端序列.
注意,paired-end reads中间的是插入片段,并没有进行测序,但是插入片段长度是有意义的.

转录组测序和数字表达谱测序相比,主要有如下不同：x0d第一,测序目标不同.x0d转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA,而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列（21 bp）；x0d第二,代表性不同.x0d数字表达谱测序只测定21bp序列,而转录组测序测定转录本全长,因而可以更准确地代表样品转录表达情况；x0d第三,应用范围不同.x0d转录组测序应用范围广泛,不仅可以检测表达量差异,而且可以发现新的转录本和可变剪切等.而表达谱测序只能粗略检测表达量差异,不能反映基因转录表达的特点和规律；x0d第四,参考序列要求不同.x0d转录组测序不仅可以适用于基因组序列已知的物种,而且也适用于基因组序列未知的物种.而表达谱测序只适用于基因组序列已知的物种.

cDNA相比于转录组的优点是包含有该物种的全部转录本,可以便捷的克隆该物种的所需基因,而不必考虑时空表达的差异.
转录组的优点在于是某个特定时期的所有转录产物,可以用来研究某一生理条件或时空条件下该物种转录水平和正常情况下的差异.
话说昨晚似乎回答过你的这个问题.

基因转录的过程中会有多个剪切位点,转录出不同形式的可变剪切体；cSNP是编码区的SNP位点.

singleton可以说是不能组装的单一read.这个名词是对于454来说的,第一种说法比较正确,因为454的读长较长,拼接不上的单一reads也是有分析价值的.