碱裂解法提取的质粒DNA琼脂糖凝胶电泳应该是什么样的?

1）选择分子量 跟你的质粒接近的marker,最理想的是包含质粒分子量在内,但据我所知没有这样的marker.
2）你这个电泳图上样量太大了,一方面条带不整齐难以判断,另一方面你干嘛要纠结于几条带呢?一般说是3条带也是理论上的,但实际上,在菌体内复制的质粒就是一个连续的状态,什么样都有,电泳结果就可能造成条带的局部涂布.
所谓的三条带解释没有定论,现在一般认为是超螺旋、复制型（处于复制的半开环状态,即眼结构）和开环DNA（一条链断了）,早先认为的 线状DNA后来被否,因为质粒很不容易断裂成线状的.顺序应该是超螺旋在最前边,开环在后边.
凭经验,我估计你的超螺旋和复制型合并成你那个粗的涂抹带了,后边那个细的是少量的开环DNA.

用rna酶,但是如果是pcr,也不用处理rna

Alkaline denatured bacterial chromosomal DNA and most of RNA,since they are much much bigger than plasmid DNA.Plasmid is still soluble and is in the solution under the same condition.Proteins also get denatured,also,chromosomal DNA is linked to the bacterial proteins,therefore they all are precipitated when you include the 3 M potassium acetate.
The principal is that alkaline denatures proteins,chromosomal DNA and most of RNA,but leave plasmid in the solution,then potassium acetate precipitates those denatured materials.Finally,alcohol (usually isopropanol ) is used to precipitate plasmid DNA.Plasmid DNA is obtained.

溶液Ⅰ 50mM 葡萄糖 / 10mM EDTA / 25mM Tris-HCl,pH=8.0
葡萄糖增稠,使悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部；EDTA 抑制DNase的活性.这一步溶液中还可以加入RNase,不受EDTA影响,并且可以在后续步骤中被除去
溶液Ⅱ 0.2M NaOH / 1% SDS
破细胞的主要是碱,而不是SDS,所以才叫碱法抽提.
溶液Ⅲ 3M 醋酸钾 / 2M 醋酸
这一步的K置换了SDS（十二烷基磺酸钠）中的Na,得到PDS（十二烷基磺酸钾）沉淀；SDS易与蛋白质结合,平均两个氨基酸上结合一个SDS分子,钾钠离子置换所产生的大量沉淀自然就将绝大部分蛋白质也沉淀了,同时基因组DNA也被PDS共沉淀

还有可能是你的琼脂糖凝胶浓度太高了,浓度越高,分子筛效应越大,质粒又比较大,当然容易拖尾了.其次也可能是你的电泳电压过大；还有就是RNA污染,你提完质粒后没有用RNase降解,不过这就不叫拖尾了,称作有杂带.
至于注意事项,你搞清每一步的原理后自己仔细想想就知道了.时刻记住不要让质粒因为机械损伤而打断,不要让质粒被降解,尽量除去质粒内残存的乙醇,因为这会对接下来的酶切造成很大的影响.

溶菌酶用不着,裂解液1里面的东西就是一些盐类,2里面的东西是沉淀蛋白质的,酒精是沉淀dna的,酚氯仿是抽蛋白的

不知道你是手提还是试剂盒提质粒,试剂盒我没碰到过这样的状况,如果是手提,一般考虑蛋白没有除干净,如果电泳质粒没有问题,不用去管,如果后续实验对质粒要求较高,可以考虑再次除蛋白,但是质粒也会损失,或者重提质粒时,将除蛋白步骤重复一次.希望实验顺利!

分别切胶,回收,做pcr,看能否p出标志带.

使金属酶（金属蛋白酶）失活
你是指最后溶解DNA,用的是TE,TE中的EDTA使使金属酶（金属蛋白酶）失活吗?
TE中EDTA使使金属酶（金属蛋白酶）失活,是为了DNA不被核酸酶降解呀!