I wander if you are late?为什么不是I wander if are you late?

if 在这里相当于whether ,“是否”
if引导的是宾语从句
在宾语从句中,用正常的陈述句语序,即 主谓宾、主谓表
所以是you are late

从句中语序永远不变，应为陈述语序。

宾语从句问句，取决于主句。从句语序不变，用陈述语序

这是疑问句的间接引语表达方式,疑问句改成间接引语时要用陈述语句.
例如:
I wonder if you are late.
I wonder what time it is .
I wonder why you are late.