综合事业局内设9个职能部门，职能如下 ： （1）负责组织局内部规章制度建设，协助领导协调机关日常工作和直属单位有关工作，负责重要事项的催办。（2）负责管理机关及直属单位工作会议计划；负责组织局长办公会、局务会、全局大会等会务工作；负责会议接待和重要活动接待工作。（3）负责政务信息、对外宣传、对外联络等工作。（4）负责公文运转等工作。（5）负责信息化建设工作；（6）负责外事工作。（7）负责保密和信访工作；（8）负责文书档案管理工作；（9）负责后勤、交通、房地产、物业管理和安全生产保卫工作；（10）承担局领导交办的其它事项。 （1）负责局机关及在京直属单位的党群日常工作。（2）负责全局思想政治和精神文明建设日常工作。（3）负责全局党风廉政建设和纪检日常工作。（4）负责全局监察日常工作。（5）负责全局统战、工会、共青团、妇女和计划生育等日常工作；（6）协调挂靠单位的有关管理。（7）负责离退休人员的日常管理工作。 （1）负责研究制定全局发展战略，指导局属事业、企业单位研究制定单位发展战略；（2）负责研究全局事业发展战略，制定调整改革的框架性方案；（3）指导研究全局经济规划与产业发展方向，拟订经济体系的框架性方案；（4）负责研究拟订全局管理体制和运行机制改革战略性调整方案；（5）负责全局与国内外相关机构开展战略性合作的组织协调工作；（6）承办局领导交办发其他事项。 （1）负责对全局组织机构、职能设置和人员编制进行归口管理；（2）负责局直属单位领导班子建设和局管干部的归口管理工作；（3）负责全局职工聘用管理工作；（4）负责全局人才开发工作，并组织实施职工培训计划；（5）负责全局劳动工资管理工作；（6）负责全局专业技术人员的管理工作；（7）负责全局人事劳动工资教育统计工作；（8）负责职工社会保险归口管理工作；（9）负责人事档案管理工作；（10）负责局机关离退休职工管理制度制定工作；（11）负责全局职工出国出境的政审工作；（12）承办局领导交办的其他事项。 （1）负责组织研究、制定综合事业局全局发展战略、中长期发展规划；（2）负责组织编制全局综合规划及各项专项规划；（3）负责全局水利基本建设及前期项目前期工作；（4）负责全局基本建设和前期项目年度投资计划编制、报批、执行及监督管理；（5）负责研究制定综合事业局投资、计划管理的规章制度、办法及监督执行；负责全局计划统计工作；（6）负责重大基建项目、前期项目的组织实施和检查验收；（7）承办局领导交办的其他工作。 （1）负责全局的财务管理和会计核算工作，负责部门预算编制、政府采购管理工作；（2）承担国有资产、股权及收益监管工作，并行使局作为出资人的管理职能；（3）负责直属单位国有资产基础管理工作，对资产运营及收益管理实施监督；（4）管理全局非经营性资产；（5）负责全局的内部审计工作 （1）负责全局综合经营开发项目的规划、建设和管理工作；（2）负责全国水利系统经营管理统计工作；（3）负责国家水利风景区的评审及管理工作；（4）负责水利系统多种经营工作的行业管理；（5）承担水利系统多种经营规划及水利旅游、水利渔业等专业发展规划的编制工作。 （1）负责水利水电机电产品质量监督管理工作，负责机电设备制造监理工程师执业资格管理工作；（2）负责发放水利水电机电产品生产（使用）许可证工作，负责水利水电机电新产品鉴定及推广工作；（3）负责水利水电机电产品技术标准、技术规范拟定和申报工作；（4）承办水利水电工程机电设备招投标、合同签约及机电设备成套等管理工作；（5）中国水利企业协会机械分会的工作 （1）负责全局技术业务的管理工作；（2）负责制订局技术业务发展规划；（3）负责制订局有关技术业务管理制度和办法；（4）负责组织对局属科技成果的审定、推荐和申报；（5）负责协调局属单位承担国家部委委托的重大科研项目的组织实施；（6）协助做好有关基本建设项目的技术工作；（7）完成部交办的其它与技术业务有关的事宜；（8）完成局领导交办的其他工作。
