高通量测序时如何证明覆盖度已经接近完整?

通量是指同时可以测的DNA样本数目的多少,一台第一代测序仪一次性最多只能测96个样本,而一台第二代测序仪（高通量测序仪）可以同时测数万个样本.
一个读数（read）是指测序得到的一个碱基序列.
我的理解是：读数就是一个待测样本的碱基序列,是solex测序中的一个术语,读数越多,就证明测序的通量越大.

桥式PCR成簇 Cluster generation

参考序列说明失败但是有序列存在供您参考!比对所得序列是否准确.

BaseSpace is Illumina’s genomics cloud computing environment for next-generation sequencing (NGS) data analysis.Now biologists and informaticians can easily and securely analyze,archive,and share sequencing data.NGS data analysis is simplified and accelerated with push-button tools.Cumbersome and time-consuming data transfer steps are eliminated.Productivity is improved.摘自illumina官网.
BaseSpace就是云计算环境了.具体你去官网查查吧!竟然在百度问这么专业的问题,厉害!

esolution 在测序的时候是指对碱基信号的分辨能力,尤其是在达到测序极限后（一般的机器为几百碱基对,就会出现信号模糊,无法再分辨了,这就是分辨率不行了

“普通的基因测序”应该是指“常规DNA测序”吧,是用Sanger法（也就是双脱氧法）进行测序的方法,目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 进行的自动测序,基本上可以做到600bp-800bp的读长.
高通量测序的概念其实是一个相对的概念,在2000年的时候,3700、MegaBace等仪器上的测序也是高通量测序,是相对手工测序或者跑平板胶来说的.
不过到2005年以后,高通量测序就改指第二代测序（Next generation sequencing）,454、Solexa(后改为Illumina）和SOLiD等第二代测序,比3730等第一代测序的通量提高了成千上万倍,甚至上亿倍,所以称为高通量测序.
NGS的特点主要有：
1、通量高,一个RUN能产生500Mb-600Gb的数据量
2、读长相对较短,454(约400-500bp),Illumina（100-250bp）,SOLiD（75-100）
3、单位数据的成本非常低,现在很多项目测序的费用,已经非常低,生物信息分析成本变得更为重要了.

这你要看测序的对象,如果说RNA-seq,这个真是低,如果是测宏基因组的特定序列（16s.18s.ITS)这个不少了.要看研究的对象的,总体来说高通量测序4W条reads真的不多.

aw_count应该是某个转录本/基因的测到的原始reads条数,normalized_count是经过标准化的数据量；
差异分析需要统计 raw_count,FPKM值,pvalue