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富集分析第二弹

2023-08-22 23:40:01
TAG: 分析
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贝贝

富集分析,来自于Enrichment这个词语

F or example, given a set of genes that are up-regulated under certain conditions, an enrichment analysis will find which Ontology terms are over-represented (or under-represented) using annotations for that gene set.

通俗来说:富集分析是基于一个先验的知识图谱将输入内容进行聚类分析,得到聚类后结果。

上句话中逐个概念解析:

<figcaption style="margin-top: 0.66667em; padding: 0px 1em; font-size: 0.9em; line-height: 1.5; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153);">GO 富集结果(柱状图)</figcaption>

结果解析:我们可以基于柱状图,清楚的看出,每一个聚类后结果(横轴下方的字段),以及每一个分类所对应的基因/基因产物数量(此图中为蛋白质数量)

上图是气泡图形式,由于GO有三个互不交集的ontology本体,所以要单独分区展示。气泡图比柱状图可以多展现1个维度,在上图中,体现了4个维度信息:

(1)气泡表示分类条目

(2)气泡大小表示基因/基因产物数量。

(3)增加了p-value的展示。p值的负对数分配给y轴(越高就越重要),统计学基础是超几何分布。( 从总的N个基因中挑出n个基因,作为分母(这是背景基因),分子则是M个基因(我们的差异基因,这是前景基因),有k个落在了某通路里,有n-k个不落在了某通路里,然后使用超几何分布来对它们进行计算,即前景基因落在某通路的比例是否高于背景基因在这一通路的比例 )

(4)表达量的上下调。横轴zscore表示是表达量是高了还是低了(一般应用于RNA和蛋白中,基因一般不涉及)。 [图片上传失败...(image-efb449-1611106941603)]

<figcaption style="margin-top: 0.66667em; padding: 0px 1em; font-size: 0.9em; line-height: 1.5; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153);">点击一个分类,可以查看其所对应的局部知识图谱</figcaption>

得到目标对象(基因或者基因产物)的富集结果(词条)后,通过查看网站对词条的注释声明,来验证或判断目标对象作为生物标志物的合理性。

<figcaption style="margin-top: 0.66667em; padding: 0px 1em; font-size: 0.9em; line-height: 1.5; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153);">方法论示例</figcaption>

示例1:《 与胰腺癌相关的重要基因本体论术语和生物学途径分析 》IF: 2.197

示例 2: 《 使用基因本体论术语和KEGG途径进行化学毒性作用分析 》 IF: 3.681

GO 功能富集分析、KEGG pathway富集分析、 GSEA 功能富集分析、 reactome 通路富集分析

(1) David ——The D atabase for A nnotation, V isualization and I ntegrated D iscovery ,支持在线进行GO功能富集分析。 工作组 很多华人(从名字上看)

(2) GOrilla ——GeneOntology enRIchment anaLysis and visuaLizAtion tool,支持在线进行GO功能富集分析。

(3) KOBAS ——KEGG Orthology Based Annotation System,支持在线进行pathways通路分析 (KEGG PATHWAY, Reactome, Biocyc, Panther), 关联疾病分析diseases (KEGG DISEASE, OMIM, NHGRI GWAS Catalog), 和GO 功能富集。北大团队做的。

(4) clusterProfiler : universal enrichment tool for functional and comparative study。推荐一个R分析工作包,是生信分析领域大牛 Y叔 写的,几乎能支持市面上常见的各类功能、通路、关联疾病分析,受science大力推荐(反正Y叔公众号上他自己是这么说的,有没有忽悠成分咱就不管了哈,但是吃过的都说香)。

以 KOBAS 为例,演示两个流程:

(1) GO分析

step i :选择“基于基因列表进行富集分析”

step ii:在计算页面等一会,查看分析结果

step iii:查看GO的DAG图

<figcaption style="margin-top: 0.66667em; padding: 0px 1em; font-size: 0.9em; line-height: 1.5; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153);">GO:3A004408</figcaption>

也有这样的:

<figcaption style="margin-top: 0.66667em; padding: 0px 1em; font-size: 0.9em; line-height: 1.5; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153);">GO:0045893</figcaption>

(2)KEGG pathway分析

step i: 参数选择KEGG

step ii: 查看计算结果

step iii: 查看通路图

有些情况下KEGG会报错:

解决方法:注意将url的末尾添加一个/符号,即可正常展示。

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2023-08-14 19:41:161

如何在KEGG数据库中查找关注pathway

1.打开KEGG数据库首页,链接如下:http://www.genome.jp/kegg/,如下所示:点击“KEGG PATHWAY”字样链接,可见如下界面:一直往下看,会发现KEGG数据针对pathway做了分类,主要包含Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal Systems、Human Diseases、Drug Development七个方向,并针对每个方向还有更为细致的分类,例如Metabolism包含Carbohydratemetabolism、Energy metabolism、Lipid metabolism等,各位看官可以根据您的研究方向或感兴趣通路选择具体的pathway进行查看。 2.假如我们关注Carbohydrate metabolism下的Pentose phosphate pathway,点击后获得如下界面:其中最上面的Reference pathway表示我们目前查看的通路是所有物种通用的pathway,下面的一段文字是对这个pathway的介绍,再下面网络图显示此pathway具体信息。其中带有Pentosephosphate pathway字样的方框点击开可发现对这个通路的其他信息介绍,同时可看到这个通路的ID(map00030),这个用map开头+数字组成的ID表示所有物种通用的通路ID,如果是某一特定物种的ID,会以该物种的3个字母简写名字+数字组成,例如hsa00030。在网络图中方框表示的是参与反应的酶,例如1.1.1.47,这是酶的ECnumber,国际酶学委员会赋予的编号。小圆圈表示化学反应中的化合物,例如beta-D-Glucose(C00221)。箭头代表的是反应方向,虚线表示此反应可以通过中间产物或其中途径发生联系。大椭圆表示与此通路相关的另一个pathway。如果您想要只关注human的Pentose phosphate pathway,就可以在Reference pathway处进行选择,之后点击Go即可。这个时候您会发现在第一行显示与不选择物种时有一定区别,会标记为human信息,同时点击网络图中的带有Pentose phosphate pathway的方框,里面会有human的这个通路的信息,包含了human该通路的pathway ID(hsa00030)和介绍。网络图本身也有变化,部分方框为浅绿色,其他不变。其中浅绿色方框为人类含有的酶,例如3.1.1.17,把鼠标放在上面会有相关信息显示。白色方框的酶在人类中不含有,把鼠标放在上面不会有任何信息显示。浅绿色方框可以点击开查看详细信息,例如点击3.1.1.17,获得如下界面,Entry为该酶在KEGG数据库中的ID,Gene name为此酶的简化名,Difinition为此酶的通用名字EC number,KO是在KEGG数据库中该酶的同源序列号,Pathway中罗列出了该酶参与的通路,除此之外,还显示很多其他信息,例如编码该酶的三级结构(Structure)、基因序列(NT seq)和氨基酸序列(AA seq)等信息。注意哦,上图的右上角,有一个Help字样,如果您对此页面中信息不清楚,可以点击Help,页面里对每项都有相应的详细介绍。如果您知道自己关注通路的ID,可以直接在第一步的基础上直接搜索,也可以获得特定物种的通路信息,例如上面的human的Pentosephosphate pathway,ID为hsa00030,我们就可以直接用这个ID进行搜索,具体操作为在步骤1的第二幅图中填入ID号,选择物种has,点击Go即可,页面如下:在出现的页面中,点击hsa00030这个通路即可。
2023-08-14 19:41:241

信号通路的英语翻译 信号通路用英语怎么说

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如何查找一个基因参与的代谢通路

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简述泛素化途径(Ubiquitination pathway)的主要步骤及其主要功能

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2023-08-14 19:44:221

血浆蛋白系统和补体系统的关系

补体(complement,C)是存在于正常人和动物血清与组织液中的一组经活化后具有酶活性的蛋白质。早在19世纪末Bordet即证实,新鲜血液中含有一种不耐热的成分,可辅助和补充特异性抗体,介导免疫溶菌、溶血作用,故称为补体。目前已知补体是由30余种可溶性蛋白、膜结合性蛋白和补体受体组成的多分子系统,故称为补体系统(complement system)。根据补体系统各成分的生物学功能,可将其分为补体固有成分、补体调控成分和补体受体(CR)。 一、补体固有成分 补体固有成分可分为以下4类:1.经典激活途径的C1、C2、C4。 2.旁路激活途径的B因子、D因子和P因子。 3.甘露聚糖结合凝集素(MBL)激活途径的MBL和丝氨酸蛋白酶。 4.参与共同末端通路的C3、C5、C6、C7、C8、C9。 补体激活过程依据其起始顺序不同,可分为三条途径:①从C1q-C1r2-C1s2开始的经典途径(classic pathway),抗原-抗体复合物为主要激活物;②从C3开始的旁路途径(alternative pathway),其不依赖于抗体;③通过甘露聚糖结合凝集素(mannan binding lectin, MBL)糖基识别的凝集素激活途径(MBL pathway)。上述3条途径具有共同的末端通路,即膜攻击复合物的形成及其溶解细胞效应。 一、 补体活化的经典途径 经典激活途径(classical pathway)指主要由C1q与激活物(IC)结合后,顺序活化C1r、C1s、C2、C4、C3,形成C3转化酶(C4b 2b)与C5转化酶(C4b2b3b)的级联酶促反应过程。它是抗体介导的体液免疫应答的主要效应方式。 (一)经典途径的激活物与激活条件: 1.激活物:主要是IC,特别是与抗原结合的IgG、IgM分子。另外,C-反应蛋白、细菌脂多糖(LPS)、髓鞘脂和某些病毒蛋白(如HIV的gp120等)等也可作为激活物。 2.激活条件:每个C1q分子必须与两个以上Ig分子的Fc段结合;游离的或可溶性抗体不能激活补体。 (二)参与经典途径的补体成分: 参与经典途径活化的补体成分依次为:C1、C4、C2和C3、C5~C9 (三)经典途径活化过程: 1、识别阶段;2、活化阶段;3、膜攻击阶段(攻膜阶段) 二、补体活化的MBL途径 凝集素激活途径(MBL pathway)指由血浆中甘露聚糖结合的凝集素(mannan binding lectin,MBL) 直接识别多种病原微生物表面的N-氨基半乳糖或甘露糖,进而依次活化MASP-1、MASP-2、C4、C2、C3,形成和经典途径相同的C3与C5转化酶,激活补体级联酶促反应的活化途径。MBL激活途径的主要激活物为表面含有甘露糖基、岩藻糖和N-氨基半乳糖的病原微生物。 三、旁路激活途径 旁路激活途径又称替代激活途径(alternative pathway)指由B因子、D因子和备解素参与,直接由微生物或外源异物激活C3,形成C3与C5转化酶,激活补体级联酶促反应的活化途径。 二、补体调控成分 主要以可溶性和膜结合两种形式存在。 三、补体受体 可与相应的补体活性片段或调解蛋白结合,介导补体生物学效应。包括CR1~CR5、C3aR、C2aR、C4aR等。 体系统激活过程中,可产生多种生物活性物质,引起一系列生物学效应,参与机体的抗感染免疫,扩大体液免疫效应,调节免疫应答。同时,也可介导炎症反应,导致组织损伤。 人们发现机体的免疫溶血活性或免疫杀菌活性,不仅需要抗体的热稳定成分,而且还需要存在于血浆中的热不稳定成分,所以人们把这种协助抗体发挥生物学作用的因子取名为补体。 正常情况下,补体是血浆浆蛋白的组成成分。补体系统的各成分,以无活性的前体存在于血浆中。需要时,再在激活物如抗原—抗体复合物等的作用下,依次被激活,最终发挥溶解、破坏细菌、病毒等致病物的作用。 补体的生物学效应有:1。增强吞噬作用,增强吞噬细胞的趋化性;2。增加血管的通透性;3。中和病毒;4。细胞溶解作用;5。免疫反应的调节作用。等等。
2023-08-14 19:44:321

2,3-BPG支路(2,3-BPGalternative pathway)

【答案】:2,3-BPG支路:是糖酵解的的侧支循环。正常情况下,1,3-BPG循糖酵解途径变成3-磷酸甘油酸,但在红细胞中可在变位酶的催化下变成2,3-BPG,而水解后的磷酸酶活性较低,造成红细胞内2,3-BPG水平升高。该物质能调节血红蛋白的运氧功能。
2023-08-14 19:44:401

EMP途径(Embden-Meyerhof-Parnas pathway)

【答案】:又称糖酵解途径(glycolysis)或己糖二磷酸途径(bexose diphosphate pathway),是绝大多数生物所共有的一条主流代谢途径。它以一分子葡萄糖为底物,约经10步反应而产生2分子丙酮酸,2分子NADH+H+和2分子ATP的过程。
2023-08-14 19:44:551

请教,David或KEGG 如何对一组基因做pathway分析

David或KEGG 如何对一组基因做pathway分析花青素是一种水溶性色素,可以随着细胞液的酸碱改变颜色。细胞液呈酸性则偏红,细胞液呈碱性则偏蓝。花青素(anthocyanins)是构成花瓣和果实颜色的主要色素之一。经由苯基丙酸类合成路径(phenylpropanoid pathway)和类黄酮生合成途径(flavonoids biosynthetic pathway)生成。影响花青素呈色的因子包括花青素的构造、pH値、共色作用(copigmentation)等。果皮呈色受内在、外在因子和栽培技术的影响。光可增加花青素含量;高温会使花青素降解。花青素为植物二级代谢产物,在生理上扮演重要的角色。花瓣和果实的颜色可吸引动物进行授粉和种子传播 (Stintzing and Carle, 2004)。常见于花、果实的组织中及茎叶的表皮细胞与下表皮层。部分果实以颜色深浅决定果实市场价格。花青素属于酚类化合物中的类黄酮类(flavonoids)。基本结构包含二个苯环,并由一3碳的单位连结(C6-C3-C6)。花青素经由苯基丙酸路径和类黄酮生合成途径生成,由许多酵素调控催化。以天竺葵色素(pelargonidin)、矢车菊素(cyanidin)、花翠素(delphinidin)、芍药花苷配基(peonidin)、矮牵牛苷配基 (petunidin)及锦葵色素(malvidin)六种非配醣体(aglycone)为主。花青素因所带羟基数(-OH)、甲基化(methylation)、醣基化(glycosylation)数目、醣种类和连接位置等因素而呈现不同颜色 (范和邱, 1998)。颜色的表现因生化环境条件的改变,如受花青素浓度、共色作用、液胞中pH値的影响 (Clifford, 2000)。本文目的为了解影响花青素生合成的因子,以作为田间栽培管理的参考。橙色和黄色是胡萝卜素的作用。1910年在胡萝卜中发现了β-胡萝卜素,以后共发现另外2种胡萝卜素异构体,分别是:α、β、γ三种异构体。1958年β-胡萝卜素获得专利(US2849495,1958年8月26日,专利权人:Hoffmann La Roche),目前主要从海洋中提取,也可人工合成。自然界有超过300种不同的花青素。他们来源于不同种水果和蔬菜如紫甘薯、越橘、酸果蔓、蓝莓、葡萄、接骨木红、黑加仑、紫胡罗卜和红甘蓝、颜色从红到蓝。这些花青素主要包含飞燕草素(Delchindin)、矢车菊素(Cyanidin)、 牵牛花色素(Petunidin)、芍药花色素(Peonidin).花青素颜色随PH值发生变化,从当PH值为3时的覆盆子红到当PH值为5时的深蓝莓红。在大多数应用中,这些色素具有良好的光、热和PH稳定性,并且能够承受巴氏和UHT热处理。花青素广泛地应用在饮料、糖果、果冻和果酱中。紫甘薯花青素在不同PH值下的颜色变化见右下图:紫甘薯花青素在不同PH值下的颜色变化近年来对作为多酚的花青素对健康可能带来的好处的关注越来越集中。将来花青素的这种特性在功能食品和保健食品中有可能得到日益应用。目前市场上有比较成熟的花青素产品,这些花青素主要是越橘花青素、蓝莓花青素、蔓越橘花青素、接骨木花青素、黑莓花青素和黑豆皮花青素等,含量均为25%或40%。国内西安天一生物技术有限公司的 薛西峰先生做了详细的提取工艺研究,并于2001年开始大规模生产25%的花青素成品。
2023-08-14 19:45:041

请教:如何查找一类蛋白的所在的pathway信息呢?

到cell signaling或epitomics公司的网站输入该蛋白一般如果是常见的都会有它的信号通路信息。如果不常见可能要查阅文献了。希望能帮到你!
2023-08-14 19:45:141

pathways的翻译pathways的翻译是什么

pathways的意思是:n.小路;小径(pathway的复数)。pathways的意思是:n.小路;小径(pathway的复数)。pathways的例句是Whatotherefferentpathwaysareinoledintheomitingresponse?呕吐反射中还涉及到什么别的传出通路。一、网络释义点此查看pathways的详细内容 分支...MasterofMusic(MMus)音乐硕士Pathways分支TheMMusoffersthefollowingspecialistpathways:音乐硕士有5个研究分支方向...二、例句Whatotherefferentpathwaysareinoledintheomitingresponse?呕吐反射中还涉及到什么别的传出通路?Byembolizingthevein,bloodflowisredirectedtootherhealthypathways.通过栓塞了静脉,血流被引导进入其它健康的通路中。Manyofthecellularbiosyntheticpathwayswerefirstelucidated.首次阐明了许多细胞内生物合成的途径。Gapjunctionsserveaspathwaysofintercellularcommunication.间隙连接是细胞间交流的途径。pathways的相关临近词pathway、pathwaymetabolic、pathwayclassical、pathwayproperdin、pathwayglycerate、pathwayamphibolic、Pathwaymanagement、pathwayglycolytic、pathwaydependence、pathwayalternative、pathwayglucuronate点此查看更多关于pathways的详细信息
2023-08-14 19:45:341

pathways的翻译是什么

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2023-08-14 19:45:421

pathways的解释pathways的解释是什么

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2023-08-14 19:45:501

pathways的解释是什么

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2023-08-14 19:45:571

pathways的意思pathways的意思是什么

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2023-08-14 19:46:051

pathways的意思是什么

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2023-08-14 19:46:121

pathway way path 这三个单词有什么区别?

你好,很高兴回答你的问题区别如下path:乡间小路,林间小径(范围小)pathway:路,道;途径,路径(范围大)way道路,途径,路线, 方式方法(除了路本身,还有引申义)
2023-08-14 19:46:201

metabolic pathways 是什么纸

metabolic pathways不是什么纸,意思是:代谢途径。重点词汇:pathway英['pɑ:θweu026a]释义:n.路,道;途径,路径;神经通路。[复数:pathways]短语:Clinical pathway临床路径;临床途径;又称临床程序;路径。例句:用作名词(n)The pathway was rough and covered with little stones.这条路高低不平,铺满了小石头。Pipe is a communication conduit or pathway with two ends.管道是一通讯管道或者是有两端的通路。
2023-08-14 19:46:531

路径的国语词典路径的国语词典是什么

路径的国语词典是:往来的道路。如:「做事的路径很多,不必拘于一格。」。路径的国语词典是:往来的道路。如:「做事的路径很多,不必拘于一格。」。结构是:路(左右结构)径(左右结构)。拼音是:lùjìng。词性是:名词。注音是:ㄌㄨ_ㄐ一ㄥ_。路径的具体解释是什么呢,我们通过以下几个方面为您介绍:一、词语解释【点此查看计划详细内容】路径lùjìng。(1)指通向某个目标的道路。(2)门路。二、引证解释⒈亦作“路_”。⒉道路。引明陆深《燕闲录》:“山西州县多在山谷之间,路_崎_,搬运极难。”《老残游记》第八回:“石头路径,冰雪一冻,异常的滑。”鲁迅《故事新编·起死》:“草间有一条人马踏成的路径。”萧红《家族以外的人》:“并且路上的落叶也厚了起来,树叶子完全盖着我们在走着的路径。”⒊指到达目的地的路线。引元乔吉《金钱记》第一折:“女孩儿从幼未曾出着闺门,我又不知路径,教我怎生去的?”《古今小说·吴保安弃家赎友》:“正不知那一条是去路。李蒙心中大疑,传令暂退平衍处屯扎,一面寻觅土人,访问路径。”《文明小史》第十五回:“连年小考,苏州是来过的,於一切路_,尚不十二分生疏。”冰心《最后的安息》:“惠姑也笑说:‘可不是么,只为我路径不熟,幸亏你在后面拉着,要不然,就滚下去了。"”⒋比喻办事的门路、办法。引《朱子语类》卷四十:“世间也只有这一_方法路径,若才不从此去,少间便落草,不济事。”鲁迅《南腔北调集·<木刻创作法>序》:“采取新法,加以中国旧日之所长,还有开出一条新的路径来的希望。”张天翼《谭九先生的工作》:“他们开口闭口总是--‘谭会长,这个路径要请你老人家示下。"”⒌指人的行径。亦指世道。引张天翼《万仞约》三:“又细细叙述了高六爷那位大小姐偷野老公的故事。总而言之,如今好人少,这真不是个路径。”罗洪《践踏的喜悦》:“你去看吧,这么大清早,总不是什么好路径!”三、网络解释路径路径(path)在不同的领域有不同的含义。在网络中,路径指的是从起点到终点的全程路由;在日常生活中指的是道路。路径在Photoshop中是使用贝赛尔曲线所构成的一段闭合或者开放的曲线段。UNISURF,并于1972年在该公司应用。贝赛尔的方法将函数无穷逼近同集合表示结合起来,使得设计师在计算机上绘制曲线就象使用常规作图工具一样得心应手。关于路径的近义词路途旅途途径关于路径的诗词《路径吟·面前路径无令窄》《少室山·岩岩路径入空蒙》《庐山马上·青松路径白云关》关于路径的诗句青松路径白云关松路径暖风轻玉手移栽霜路径关于路径的单词pathwaydependenceauthorizedpathfeasiblepathdriverpathpathwayalternativeapproachincertificatepath关于路径的成语终南捷径_鼬之径旁岐曲径蓬蒿满径行不由径独辟蹊径另辟蹊径行不从径道而不径半半路路关于路径的词语捷径窘步蓬蒿满径直情径行行不从径终南捷径径一周三笔墨畦径另辟蹊径旧家行径独辟蹊径关于路径的造句1、知道了每一段经历过的坎坷路径都有它最真诚跋涉的理由;知道了每一个走上去的前途都有它最真实选择的方向。那么,请将我置身其中,尽情领略生命真实的精彩,创造生命真实的奇迹。2、局部比其他部分运行困难变得较其他部分热,多亏血液分流他们的路径的附加循环。3、安全是回家唯一的路径。4、把路径都告诉你了,直接按路径去找就找到了。5、他们正在顺着这条冷落的、支离破碎的路径往前走。点此查看更多关于路径的详细信息
2023-08-14 19:47:091

signaling pathway是什么意思

signaling pathway信号转导通路网络释义1. 信号通路2. 信号通道例句:1.Signaling pathway with extensive consequences 有广泛影响的信号通路2.The importance of the ephrina3/ epha4 signaling pathway was furtheremphasized by the control studies. 对照性研究将进一步增强ephrina3/epha4信号通路的重要性。
2023-08-14 19:47:171

请教:什么叫“临床路径”?

临床路径(Clinicalpathway)是指针对某一疾病建立一套标准化治疗模式与治疗程序,是一个有关临床治疗的综合模式,以循证医学证据和指南为指导来促进治疗组织和疾病管理的方法,最终起到规范医疗行为,减少变异,降低成本,提高质量的作用。相对于指南来说,其内容更简洁、易读、适用于多学科多部门具体操作,是针对特定疾病的诊疗流程、注重治疗过程中各专科间的协同性、注重治疗的结果、注重时间性。扩展资料:意义:1、缩短平均住院日、合理支付医疗费。2、根据病情合理安排住院时间和费用,设计最佳的医疗和护理方案。3、规范诊疗过程,减少一些不必要、不合理的诊疗行为,而且还可以规范诊疗行为应完成的时间等,增强了诊疗活动的计划性。参考资料来源:百度百科-临床路径
2023-08-14 19:47:321

路的英文

road way path
2023-08-14 19:47:418

请教:什么叫“临床路径”?

临床路径(Clinical pathway)是指针对某一疾病建立一套标准化治疗模式与治疗程序,是一个有关临床治疗的综合模式,以循证医学证据和指南为指导来促进治疗组织和疾病管理的方法,最终起到规范医疗行为,减少变异,降低成本,提高质量的作用。相对于指南来说,其内容更简洁,易读、适用于多学科多部门具体操作,是针对特定疾病的诊疗流程、注重治疗过程中各专科间的协同性、注重治疗的结果、注重时间性。临床路径是相对于传统路径而实施的,传统路径也即是每位医师的个人路径,不同地区、不同医院,不同的治疗组或者不同医师个人针对某一疾病可能采用的不同治疗方案。采用临床路径后,可以避免传统路径使同一疾病在不同地区、不同医院,不同的治疗组或者不同医师个人间出现不同的治疗治疗方案,避免了其随意性,提高了费用、预后等等的可评估性。 临床路径通过设立并制订针对某个可预测治疗结果病人群体或某项临床症状的特殊的文件、教育方案、患者调查、焦点问题探讨、独立观察、标准化规范等,规范医疗行为,提高医疗执行效率,降低成本,提高质量。
2023-08-14 19:47:582

怎么在pathway中显示上调基因和下调基因

怎么在pathway中显示上调基因和下调基因如果你的样品是高等生物的话,基于已知的知识库结合你定量实验分析TF的话,有很多软件能够判断其上下调的特异性调节情况的。低等生物或者植物的话可能更多地结合序列预测等信息就比较麻烦点了。光有bingdingsite信息只能帮助判断能否regulate,但是不能确定向那个方向regulate。这个没别的办法,只有做实验才能确定到底是上调还是下调。现有关于protein-DNAinteraction的public数据库基本没有direction信息。商业数据库像MetaCore和IPA还是好用很多。如果有特定的TF要看,可以去GEO看看有没有这个TFmutant或者knock-out的数据。如果有的话,至少能多点信息帮助判断,不过要注意物种或条件差异。
2023-08-14 19:48:241

pathway offer是什么

是一种专门针对留学生的桥梁课程录取通知书。Pathway课程主要是针对语言课程上没有达到直录标准的学生,可以适当的降低录取门槛,通过桥梁课程的方式来升学硕士。桥梁课程一般是由语言课程+专业课程+升学辅导三部分构成。其中专业课是有一定的学分可以转入正式课程的。
2023-08-14 19:48:311

英国留学pathway什么意思

如果要去英国留学 我建议一定要学好英语;但除了提高考试成绩之外,教授就曾表示过 一定更要花时间注意提高自己的英语语言应用能力 使自己可以自如流畅的与同学和教授在课堂上进行交流 语言成绩只要达到学校要求的就够了,不需要再浪费时间和金钱去重复参加考试 因为语言考试分数高 并不意味着英语应用能力强!所以英语口语能力要学好 学标准口音还是要找欧美教师 喔 对了,我目前上的ABC天卞英语的助教才和我提过 就是想学会英语应该是不费力地;绝对有个适合的研习环境及练习口语对象,这取决于外教资质,东南亚口音重 一定要找欧美籍,发音纯正非常重要 持续逐日口语交流,1&1针对性教学就有.好.的学习成果..课程结束后同样要复习听取课堂录音档 更可以加深印象~不过实在没有练习对象的话,最好能上可可或沪江取得课后材料阅读 多用耳听、眼观、嘴动、脑想 短时间口语就加强起来 学习成效是绝对最佳的 UCAS 就是Universities and Colleges Admissions Service 的缩写,是英国 申请大学的讥构。有点像我们的教育局高考志愿部门,只负责大学申请等等的工作。SVV 学生访问签证 Student Visitor VisaESVV没听说过,一般就是SVV和GSV普通学生签证两种,区别是SVV时间较短属于短期访问学者签证,最长一年,不能打工,一般读语言预科就给这种。之后进阶成GSV签证,属于完全的学生身份或者成人学生身份,可以打工,还可以根据需要延长停留时间。你可以去使馆主页看签证类型。NsF就是 NATIONAL sUALIFICATION FRAMEWORK 国家资证书框架。1-是不同等级,1和就是GCSE你暂时可以理解为我们的高中,是A LEVEL,,是其他高等教育比如预科或者类似我国的成人教育或者大专什么的,是本科,是硕士,是博士和类似的学术学位。B1B 这个缩写不知道你说的是什么里的。。不过很多情况下说签证.B1商务签,B旅游签。还有你下面说的CEFR里似乎也有B1 B,属于分数级别。CEFR 是新时兴的欧洲语言共同建议标准,是语言考试,类似雅思托福。CEFR里的B1 B就是相当于:B1初级雅思.-.分,B是中级标准,等于雅思-分。之间联系么。。基本上你不需要知道这么多东西,你如果是高中生,你去英国先读预科,办SVV或者GSV签证,去了英国先读1-年预科或者A LEVEL,然后通过UCAS申请大学,大学会要你的学期成绩和语言成绩,一般都是雅思分左右,CEFR用的不多。然后你达到了成绩,你就递交成绩单,取得无条件录取通知书,或者直接拿有条件的通知书和已达到条件的证明,换或者续签证,然后去新的大学。不要太纠结于这些词语。。
2023-08-14 19:48:411

a pathway to这里的to是介词吗?后面是跟do还是doing

这个问题需要根据具体语境来判断。一般来说,“to”可以是介词,也可以是不定式符号的一部分。如果“to”是介词,后面通常跟名词或动名词作宾语,例如:A pathway to success.(通向成功的路径。)A pathway to learning.(学习的途径。)如果“to”是不定式符号的一部分,后面通常跟动词不定式,例如:A pathway to do something.(做某事的途径。)A pathway to achieve something.(实现某事的途径。)需要根据具体语境来判断后面应该是跟do还是doing。如果需要表达一个动作的完成,通常使用动词不定式,即跟do;如果需要表达一个动作的进行,通常使用动名词,即跟doing。
2023-08-14 19:48:503

【求助】调节通路和信号通路有什么差别?

从基因表达水平来说,说成信号通路准不准确?据我理解,调节通路应该就是对基因表达有调节作用的那些信号转导通路,而所谓“信号通路”是泛指。关于“信号通路”这个词的适用范围,我认为从细胞外配体一直到细胞核内的转录因子,这中间的信号转导过程应该都可以是信号通路的一部分,而基因表达以后的过程应该就不算了。我读的文献不多。不知道我的理解错在哪里:调节通路应泛指所有的通路,包括脂类-蛋白、蛋白-蛋白、蛋白-DNA、RNA-RNA等任意互作构成的通路。信号通路一般情况下也可以指调节通路,但更强调响应某一个信息源(含胞内和胞外,如指定某个因子或刺激源)而执行一定功能的通路,而信号转导通路(signal transduction pathway)则指响应胞外信息源的通路,包括入胞启动转录、至转录基因执行功能。也就是说调节通路包括信号通路、信号通路又包括信号转导通路。不知道这种理解对不对?请战友们不吝指教。这方面应该没有准确的定义,信号通路、信号转导通路我的理解就是一样的,老外对signaling pathway、signal transduction pathway和signal pathway都是通用的,前者用的最多,后者用的最少。我的理解完整的一个信号通路包括:胞外信息与细胞相互作用,并不一定入胞,启动胞膜、胞质、胞核等一系列信号分子,直到效应细胞执行功能。这个过程的某个部分其实也可以称为一个信号通路,因为完整的一个信号通路包括很多分支,每个分支都是一个信号通路,各个分支间可能还存在crosstalk。很少看到调节通路的说法,evolution版主指的调节通路,比如蛋白-DNA,实际上是2个分子间的相互作用,仅仅这个过程严格上不是一个通路,当然相互作用后一般会触发下游某些分子级联变化,也就是一个信号通路了。调节通路(regulatory pathway)、信号通路(signaling pathway)和信号转导通路(signal transduction pathway)应该是有差别的。因为调节的内涵更贴近转录调控;因为信号转导的概念涉及跨膜信号传递,所以信号转导通路就应该指响应胞外信息源过程中牵涉到的分子所连成的路径。之所以提出这个问题,是因为调控网络已经明确分为代谢网络(metabolic network)、转录调控网络(transcriptional regulatory network)和信号转导网络(signal transduction network)。所以,这几个通路也应该有所区分。我现在用基因芯片检测某器官的发育过程,不想仅做个简单的聚类分析,还希望检测发育过程中基因表达涉及的通路,这个通路叫调节通路、信号通路、还是信号转导通路?拿不准。请战友们继续讨论。细胞信号转导(signal transduction)主要研究细胞感受、转导环境刺激的分子途径及细胞内蛋白质活性。细胞膜通透性,基因表达状况、细胞形态、功能等各方面的变化过程。通路 (pathway)是医学上借用的一个词语,用来描述上述细胞活动中存在反应相关的分子。从这来说:调节通路(regulatory pathway)、信号通路(signaling pathway)和信号转导通路(signal transduction pathway)应该是有差别的。他们都讲了细胞信号转导的一个方面,是从研究的不同角度来说明的。应该是信号通路>调节通路>信号转导通路,不知道我的理解对吗?望指正看来做信号转导的人远少于细胞培养。细胞信号研究是比较复杂的 它主要通过磷酸化和去磷酸化来调节 有专门的磷酸化抗体可以用 但比较贵
2023-08-14 19:49:271

有ko号,怎么查pathway,kegg

如果您知道自己关注通路的ID,可以直接在第一步的基础上直接搜索,也可以获得特定物种的通路信息,例如上面的human的Pentosephosphate pathway,ID为hsa00030,我们就可以直接用这个ID进行搜索,具体操作为在步骤1的第二幅图中填入ID号,选择物种has,点击Go即可!
2023-08-14 19:49:491

C3C4是什么?

你的问题不太清楚哦……至少我没有看懂勒呵。。
2023-08-14 19:49:592

有没有大神熟悉pathway tools

是一个路径工具软件路径工具是一个综合性的符号系统生物学软件 系统是相关联的BioCyc数据库收集。路径工具支持生物信息学和系统生物学 几个使用案例:生物体特定的数据库开发(也被称为模式生物数据库),集成了许多 生物信息学数据类型,从基因组到通路。代谢重构和建模。科学计算可视化、网络出版,和传播那些 生物体特定的数据库,包括:完整的代谢网络和代谢途径的自动显示基因组浏览器显示操纵子调节子,和全转录调控网络视觉分析的基因表达和代谢组学数据集,如绘画 组学数据上的全面的代谢网络图,完整的监管网络, 和全。计算推理包括 代谢途径预测、代谢途径预测孔填料, 预测操纵子,可用于基因组。比较基因组与途径分析生物网络分析:指定路线搜索之间的代谢产物发现死的代谢产物识别瓶颈(潜在的药物靶点)在代谢网络路径工具有四个组成部分PathoLogic:创建一个新的通路/基因组数据库(PGDB)含有预测代谢途径 有机体,给定一个GenBank登录输入。Pathway/Genome导航:支持查询、可视化、分析pgdbs。 BioCyc网站导航能力BioCyc.org。MetaFlux:支持代谢通量模型的发展。通路/基因组编辑:对于pgdbs提供交互式编辑能力。请看路径工具概述对软件的功能,更详细的文档 。路径工具的开发Peter D.卡普和同事在 的生物信息学研究组 在SRI国际公司。路径工具的可用性路径工具是免费提供给用于研究的学者,并可用于fee to Commercial Institutions.
2023-08-14 19:50:071