peaks

没错。——精锐五角场

难找，但一定有，我们在理哦，666xmy.㏇㎡

在一个叫做风之峰的地方，发生了许多神秘的事件......U0001f343《Wind Peaks》U0001f343U0001f4a1【游戏类型】：冒险、解谜u2728【关键词】：探索、隐藏物体、指向点击U0001f44dU0001f3fb【玩家评价】：多半好评U0001f4d6【支持语言】：中文u2705（界面）U0001f447U0001f3fb关于这款游戏U0001f447U0001f3fb《风之峰》是一款寻宝游戏，具有独特的卡通手绘风格，讲述了一群小童子军的故事。这些小童子军找到了一张地图，这份地图引着他们来到了森林U0001f332之中的神秘区域。在《风之峰》中，故事是通过隐藏的物品和关卡来讲述的。想要继续进行游戏，请务必找到每个场景藏起来的东西！如果你想挑战自己的“智力”，同时又想体验美丽的游戏场景，那么这款游戏绝对是你的不二之选！

anna bell peaks安娜贝尔峰anna bell peaks安娜贝尔峰

shake-up n. 动摇; 搅动，震动; 权宜之计; 人员变动; satellite-peaks:卫星峰;伴峰

曲面peaks 上点的坐标，可用mesh或surf绘出

peaks是一个函数，其中有2个变量。由平移和放缩高斯分布函数获得。这里输入n（=30）是说输出30*30的矩阵，并显示。 >> peaks(30)z = 3*(1-x).^2.*exp(-(x.^2) - (y+1).^2) ... - 10*(x/5 - x.^3 - y.^5).*exp(-x.^2-y.^2) ... - 1/3*exp(-(x+1).^2 - y.^2) [X,Y,Z] = peaks(30);得到的X、Y、Z为30*30的矩阵

先选中你要做基线的数据，去到菜单Analysis: Peaks and Baseline: Peak Analzyer.在打开的对话框中，选Goal为Create Baseline. 点击Next按钮。在这页中，Origin默认会选User Defined 模式。这个模式就是根据你的实际曲线，选取基线锚点，然后对锚点插值得到基线。现在你可以点击Find按钮，然后Preview图窗会显示几个红色的锚点，如果位置你觉得不合理，你可以点击Enable Auto Find复选框进入手动选锚点模式，然后点击Add按钮。在想要的位置双击添加锚点，完成之后点Done按钮。然后点选Next按钮去到下一页，你可以选择Interpolation，然后选择插值方式为Line/Spline/BSpline。 根据情况，你还以选择Fitting,然后选择Expdec，或者别的拟合函数进行拟合。

uygepudgquDGYPUAYdhpYPAUYF8udfypD8UYPD8YD8Y8SDY8IYYF8YFI8YIC

cellranger-atac计数管道输出一个位置排序(position-sorted)和索引的BAM文件。这些文件主要用于BAM可视化工具，如集成基因组查看器(Integrated Genome Viewer, IGV)。 以下内容假设您基本熟悉BAM格式。更多关于SAM/BAM标准的细节可以在网上找到。 每个读取的Chromium细胞条形码和映射信息存储为标签字段: 细胞条形码CB标签包含一个gem组后缀“-1”，用于标记来自单个通道的gem。 Cell Ranger ATAC目前只支持由单个GEM运行生成的库，因此GEM组后缀总是-1。它可以保留在适当的位置，并作为唯一的条形码标识符的一部分进行处理，也可以显式地解析出来，只留下条形码序列本身。 cellranger-atac计数管道输出一个类似于bed的表格文件，其中每一行代表一个唯一的ATAC-seq片段捕获的化验。每个片段由两个单独的换位事件创建，这两个事件创建观察到的片段的两端。每个惟一的片段可以生成多个重复读取。这些重复的读取被折叠成一个片段记录。 fragments文件的前三列定义为BED格式，因此fragments文件在很多情况下可以被当作BED文件。 通过调整序列读对的BAM比对间隔，得到碎片的床层间隔。从最左侧对齐位置开始向前移动4bp，从最右侧对齐位置向后移动5bp。转座酶以9bp的外伸长度切割两条DNA链，调整后的位置代表这些切割之间的中心点;这个位置被记录为代表染色质可达性事件的切割位点。 管道输出/文件夹包含片fragments.tsv.gz和fragments.tsv.gz.tbi。每个片段包含一行，每个片段使用下面描述的选项卡分隔的字段。数据是块gzip压缩的，以允许索引和节省磁盘空间。fragments.tsv.gz.tbi文件是片段间隔的tabix索引，便于从任意基因组间隔随机访问记录。tabix索引是用——preset=bed创建的。 与BED文件中一样，fragments.tsv.gz 文件中的位置是基于0的。 peaks.bed文件包含peak calling 算法的输出。每个峰都是基因组上的一个区间，其中有一个局部富集的转座酶切割位点。peak文件以BED格式报告这些时间间隔。cellRanger ATAC产生的峰是数字排序和不重叠的。 这个文件中反映的一组称为峰值形成了为每个单元测量的一组主要“特征”。每个峰值在特征条形码矩阵输出文件中都有对应的行。 metrics

ANDES: 安第斯山PEAKS;山峰的意思合起来就像你说的安第斯之巅！智利安第斯山脉产一些品质非常高的葡萄酒，特别是智利本土非常有特殊的佳美娜葡萄，酿造出来的葡萄酒非常有特点。你这款酒不知道是哪个年份，哪种葡萄酿造的，因此不好给你这款酒做一个大概价位评估。不过你看一下这款酒背标，上面都有电话和公司联系方式，打过去询问一下就可以了。

Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。 如下图所示，比对结果的文件中reads在正负链不均匀分布，但在结合位点聚集。正负链5‘末端的reads各形成一组合，通过统计学的方法评估这些组合的分布并和对照组比较，确定这些结合位点是否是显著的。 peaks calling 有不同的方法，MACS2是最常用的call peaks工具。 MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq ，最初的设计是用来鉴定转录因子的结合位点，但是它也可以用于其他类型的富集方式测序。 MACS通过整合序列标签位置信息和方向信息提高结合位点的空间分辨率。MACS的工作流如下所示： MACS2的用法，call peaks的参数及输出文件的解读可以参考 MACS2文档学习 。 输入文件参数： 输出文件参数： peak calling 参数 Shift 模型参数： ATAC-seq关心的是在哪切断，断点才是peak的中心，所以使用shift模型，--shift -75或-100 对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下： HBC的深度NGS数据分析课程 MCAS2文档

xps得到的峰包括光电子峰和其他一系列伴峰，shakeuppeaks是伴峰的一种。我的理解是在进行定量计算时，只要考虑光电子峰，并且是考虑主光电子峰，比如氧O，其实它的光电子峰不仅有1s，还有2s，但我们定量只要将1s的峰面积算入即可。

这一语句返回的是peaks函数的三个坐标轴空间上的数值，x表示x轴，y表示y轴，z表示z轴，这样每个点就对应一个（x,y,z）

2021年开年第一篇笔记~ 该包的主要重点是确定样本之间有差异的位点。它包括支持峰集处理的功能，包括重叠和合并峰集，在峰集里进行重叠区间的测序read计数，以及基于结合亲和的证据(通过read密度的差异测定)识别统计上显著的差异结合位点。为此，它使用了在RNA-Seq环境中开发的统计包(edgeR和DESeq2)。此外，这个包构建在Rgraphics的基础上，提供了一组标准化的图来帮助进行结合分析。 DiffBind主要对峰集(peaksets)进行分析，峰集是一组代表候选蛋白质结合位点的基因组区间（也适用于ATAC-seq的峰集）。每个区间包括一个染色体，一个开始和结束位置，通常还有一个表示对峰的confidence或强度的分数。与每个峰集相关联的是与产生峰集的实验相关的metadata。此外，包含比对上的测序read文件(.bam文件)可以与每个峰集关联。 通常的，DiffBind处理数据一般是五个部分： sample sheet是一个列表，需要包括以下几列："SampleID"， "Tissue"， "Factor"， "Condition" ，"Treatment"，"Replicate"， "bamReads" ，"ControlID" ，"bamControl" ，"Peaks"和"PeakCaller"。 这个列表可以是dataframe，或者是从csv文件读取，比如： NOTE: 我用的数据是ATAC-seq数据，如果是ChIP-seq数据的话上面这个表里需要填写的内容会有些不同。具体请参考官网： https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DiffBind/inst/doc/DiffBind.pdf NOTE: 这一步有很多可选参数，我就直接用的都是默认值了，如果有特殊需要的，请参考 DiffBind官网说明书 。 使用peak calls的数据，可以生成一个相关热图，通过结合矩阵的每一行的相互关系给出样本的初始聚类: 下一步是根据每个样本的read计数(亲和力分数)计算一个带有分数的结合矩阵，而不是仅针对特定样本中call的那些峰(occupancy分数)计算置信分数。这些reads是使用 dba.count 功能获得的: 这里同样有很多参数可以选择，这里我只选择一个参数： bUseSummarizeOverlaps 。 这个参数会使得运行比较缓慢，但是是一个更标准的计算功能。如果你把它设置为TRUE，所有的read文件必须是bam，并且必须有其自己的索引文件（.bam.bai）。另外fragmentSize参数必须是缺省值。 结果如下： 这里添加了两个新列。第一个显示了每个样本的比对的reads的总数(“完整”文库大小)。第二个是标记的FRiP，它代表在峰的Fraction of Reads。这是共识峰集中与这个样品里某一重叠的峰所占reads的比例，可以用来表示总体上哪个样品富集程度更高。 这时可以画个PCA plot: 这时候的相关性热图就不一样了： 还可以画个MA-plot看一下： 这一部分你可以设置提取哪些组比较的差异结果，如果你只有两个组比较，就很容易，用默认值就好了。如果你的数据和我一样，我是4个组比较，上面提到就有6组比较组合，这时我可以设置提取哪两个实验条件的组合结果： metadata列显示了所有样本的平均read浓度(默认计算使用log2标准化read计数)和第4(four)组和第3(three)组中每个样本的平均read浓度。Fold列显示了DESeq2分析计算的两组之间的log Fold changes (LFCs)。正数表示four组的结合亲和力增加（对于ATAC-seq数据来说就是DNA的可接近性增加），负数表示three组的结合亲和力增加。最后两列给出了识别这些位点为差异位点的置信度，是原始p值和经过多次测试修正的FDR(同样由DESeq2分析计算)。 保存你的结果： 这时可以针对four组和three组的样品画PCA plot: 火山图： 把某两个组所有的差异峰用热图表示出来： 当然你也可以把所有的样品都画出来： 但是这里有一个问题，它把我的同一个Treatment的样品分隔开了。我尝试过调整列的顺序，但是貌似在 dba.plotHeatmap 这个函数里没有类似的参数可以调整。于是我试着用pheatmap将这个热图进行可视化。 使用pheatmap进行调整： 参考文章： 1. ATAC-Seq 差异分析 DiffBind 2. 第9篇：差异peaks分析——DiffBind 3. colorspace

尖峰，即峰形尖锐的色谱峰

ATAC-Seq下游分析的另一个重点是差异peaks分析。如分析不同的实验条件、多个时间节点、不同的发育时期等的差异区域。鉴定这些差异peaks区域在生物医学研究中也具有重要意义，目前也有多种相关的工具被开发： 具体选择哪种工具决定于实验设计，下面的决策树可以帮助缩小你的选择范围。 DiffBind是鉴定两个样本间差异结合位点的一个R包。主要用于peak数据集，包括对peaks的重叠和合并的处理，计算peaks重复间隔的测序reads数，并基于结合亲和力鉴定具有统计显著性的差异结合位点。适用的统计模型有DESeq、DESeq2、edgeR。详细内容可参考DiffBind的文档： http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DiffBind/inst/doc/DiffBind.pdf 需要准备一个SampleSheet文件，与 ChIPQC 的方法一样。SampleSheet文件是根据实验设计和数据存储地址等信息创建的一个csv格式文件，包含的表头信息有 "SampleID"、 "Tissue"、 "Factor"、 "Condition" 、"Treatment"、"Replicate" 、"bamReads" 、"ControlID"、 "bamControl" "Peaks"、 "PeakCaller" （bam,peak文件分别在比对和call peak的步骤产生）。 读入文件 一旦读入了peaksets，合并函数就找到所有重叠的peaks，并导出一致性的peaksets。 结果中同时计算了FRiP (质量评估的一个标准，可以参考 第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC )。 结果文件包含所有位点的基因组坐标，以及差异富集的统计数据包括fold change、p值和FDR。 其中 Conc 的表示read的平均浓度，即对peak 的read counts进行log2标准化 以bed格式保存显著性的差异结果

先用peaks z = .........画图再用[x,y,z]=peaks;取值然后把矩阵中的元素排序，最后可取得最大值和最小值

作为表观基因组的工具，MACS2是call peaks强而有力的工具，那么MACS call peak的基本统计学原理是上面呢？大至可以分为3步：1.设置滑动窗口；2.统计peaks在基因组上随机分布的情况；3.统计学检验 包含peak信息： narrowPeak文件： 由MACS2的输出文件来看，处理peaks的基本信息以外，如何计算peak的富集倍数（或者说是在某一个区域上富集多少条reads才算作为一个peak）以及如何计算显著性p_val就变成了一个热点问题 首先，MACS2会设置一个滑动窗口（通常为1000bp），并以滑动窗口为单位来统计该区段上的reads富集成的peaks 我们知道TF或者蛋白结合到的位置是随机的，即peaks在基因组上出现的位置是随机的（peaks即为TF或者蛋白结合的位置）。 并且在一般情况下 （这里的一般情况指的是reads随机分布在基因组上）， 当TF或者某种蛋白特异性结合在某个位点上时（高频结合位点），相比于一般情况（即reads随机分布在基因组上的情况下），在这些位点TF或者蛋白结合的区域会有大量的reads富集，这些区域reads的富集程度远高于reads随机分布在基因组上（一般情况）的，因此若满足这个条件，我们就定义该区域是富集出peak的 比对完成以后，每一条read结合到一个滑动窗口上可以看作是一个事件，统计结果可以分为某read结合到了该滑动窗口上和没有结合到该滑动窗口上这两种结果，因此可以看作是伯努利实验，服从二项分布 由于reads和滑窗有很多，试验次数很多，并且每一个read结合到滑动窗口上的概率很小，所以二项分布就会趋近于泊松分布 接下来定义一般情况下（reads随机分布在基因组上）的泊松分布： MACS2将所用Chip-seq数据的reads随机分布在基因组上，并统计每一个滑动窗口上的reads数，并发现每一个滑动窗口上富集到reads个数的频率分布是满足泊松分布的： 那么对于任意位置的滑窗A来说，我们定义 一般情况（reads随机分布在基因组上）的泊松分布的λ 为： 那么，不同的λ值对应的泊松分布如下图所示：

MATLAB提供了一个peaks函数,可产生一个凹凸有致的曲面,包含了三个局部极大点及三个局部极小点

help peaks

peaks是一个函数，其中有2个变量。由平移和放缩高斯分布函数获得。这里输入n（=30）是说输出30*30的矩阵，并显示。>>peaks(30)z= 3*(1-x).^2.*exp(-(x.^2)-(y+1).^2)...-10*(x/5-x.^3-y.^5).*exp(-x.^2-y.^2)...-1/3*exp(-(x+1).^2-y.^2)[X,Y,Z]=peaks(30);得到的X、Y、Z为30*30的矩阵

MATLAB提供了一个peaks函数，可产生一个凹凸有致的曲面，包含了三个局部极大点及三个局部极小点

看看源程序就明白了。>> type peaksfunction [xz,y,z] = peaks(arg1,arg2)%PEAKS A sample function of two variables.% PEAKS is a function of two variables, obtained by translating and% scaling Gaussian distributions, which is useful for demonstrating% MESH, SURF, PCOLOR, CONTOUR, etc.% There are several variants of the calling sequence:%% Z = PEAKS;% Z = PEAKS(N);% Z = PEAKS(V);% Z = PEAKS(X,Y);%% PEAKS;% PEAKS(N);% PEAKS(V);% PEAKS(X,Y);%% [X,Y,Z] = PEAKS;% [X,Y,Z] = PEAKS(N);% [X,Y,Z] = PEAKS(V);%% The first variant produces a 49-by-49 matrix.% The second variant produces an N-by-N matrix.% The third variant produces an N-by-N matrix where N = length(V).% The fourth variant evaluates the function at the given X and Y,% which must be the same size. The resulting Z is also that size.%% The next four variants, with no output arguments, do a SURF% plot of the result.%% The last three variants also produce two matrices, X and Y, for% use in commands such as PCOLOR(X,Y,Z) or SURF(X,Y,Z,DEL2(Z)).%% If not given as input, the underlying matrices X and Y are% [X,Y] = MESHGRID(V,V) % where V is a given vector, or V is a vector of length N with% elements equally spaced from -3 to 3. If no input argument is% given, the default N is 49.% CBM, 2-1-92, 8-11-92, 4-30-94.% Copyright 1984-2006 The MathWorks, Inc.% $Revision: 5.10.4.3 $ $Date: 2006/06/27 23:02:56 $if nargin == 0 dx = 1/8; [x,y] = meshgrid(-3:dx:3);elseif nargin == 1 if length(arg1) == 1 [x,y] = meshgrid(linspace(-3,3,arg1)); else [x,y] = meshgrid(arg1,arg1); endelse x = arg1; y = arg2;endz = 3*(1-x).^2.*exp(-(x.^2) - (y+1).^2) ... - 10*(x/5 - x.^3 - y.^5).*exp(-x.^2-y.^2) ... - 1/3*exp(-(x+1).^2 - y.^2);if nargout > 1 xz = x;elseif nargout == 1 xz = z;else % Self demonstration disp(" ") disp("z = 3*(1-x).^2.*exp(-(x.^2) - (y+1).^2) ... ") disp(" - 10*(x/5 - x.^3 - y.^5).*exp(-x.^2-y.^2) ... ") disp(" - 1/3*exp(-(x+1).^2 - y.^2) ") disp(" ") surf(x,y,z) axis("tight") xlabel("x"), ylabel("y"), title("Peaks")end

peaks是一个函数，其中有2个变量。由平移和放缩高斯分布函数获得。这里输入n（=30）是说输出30*30的矩阵，并显示。正态分布（Normal distribution）又名高斯分布（Gaussian distribution），是一个在数学、物理及工程等领域都非常重要的概率分布，在统计学的许多方面有着重大的影响力。若随机变量服从一个位置参数、尺度参数为的概率分布，记为：则其概率密度函数为正态分布的数学期望值或期望值等于位置参数，决定了分布的位置；其方差的开平方或标准差等于尺度参数，决定了分布的幅度。正态分布的概率密度函数曲线呈钟形，因此人们又经常称之为钟形曲线。我们通常所说的标准正态分布是位置参数, 尺度参数的正态分布（见图中绿色曲线）。

您好，这句话是打电话用语，需要改为:This is Dongdong speaking.意思是“我是东东。”

Who knows most, speaks least.中文意思：知道的多的人， 说的则不多.（对应俗语：满瓶不晃， 半瓶咣当）

the more a man knows,the less he says

plain是人工地貌，peaks是山峰，streams是河流，去文库找就行，有好多的。

* 回复内容中包含的链接未经审核，可能存在风险，暂不予完整展示！ Sparks Fly The way you move is like a full on rainstorm 你的每一个动作就好像暴雨旋风一般划过我的心上and I"m a house of cards 而我就像一座纸牌搭起的房子般脆弱，轻易的被你攻入You"re the kinda reckless that should send me run 你是那种能让我不计后果迷上的人，我应该远离But I kinda know that I wont get far 但是我知道，我就像小磁铁一样离不开磁场And you stood there in front of me just 你就这样站在我的面前Close enough to touch 距离是如此的近，我可以触碰到你Close enough to hope you couldn"t see 距离是如此的近，但愿你不能看清What I was thinking of 我正在想的事情Drop everything now 放下所有的事情吧Meet me in the pouring rain 我和你约在瓢泼大雨之中Kiss me on the sidewalk 亲吻在街边的人行道上Take away the pain 将所有的痛楚都带离了我cause I see, sparks fly whenever you smile 我好像能看见，当你微笑的时候，火花正在绽放Get me with those green eyes, baby 宝贝，你绿色的眼睛就这样得到了我的心As the lights go down 就好像绚丽的灯光都黯然失色,Something that"ll haunt me when you"re not around 当你不在我身边的时候，有些东西会萦绕于脑际，难以忘却cause I see, sparks fly whenever you smile我好像能看见，当你微笑的时候，火花正在绽放My mind forgets to remind me 我的理智忘记了提醒我自己You"re a bad idea 你是一个容易让我入迷的坏念头You touch me once and it"s 当你第一次触碰到我的时候Really something 我能感觉到，美妙的事情即将上演you find I"m even betterThan you imagined I would be你会发现我比你想象中的更美好I"m on my guard for the rest of the world 我对于外面的世界保持我的小戒心But with you I know it"s no good 但是，和你在一起的时候，我却毫无防备And I could wait patiently but 我可以按捺自己的心思，耐心的等待I really wish you would 但是，我真的希望你会：Drop everything now 放下所有的事情Meet me in the pouring rain 我和你约在瓢泼大雨之中Kiss me on the sidewalk 亲吻在街边的人行道上Take away the pain 将所有的痛楚都带离了我cause I see, sparks fly whenever you smile 我好像能看见，当你微笑的时候，火花正在绽放Get me with those green eyes, baby 宝贝，你绿色的眼睛就这样得到了我的心As the lights go down 就好像绚丽的灯光都黯然失色,Something that"ll haunt me when you"re not around 当你不在我身边的时候，有些东西会萦绕于脑际，难以忘却cause I see, sparks fly whenever you smile我好像能看见，当你微笑的时候，火花正在绽放I run my fingers through your hair 我的手指穿过你柔软的头发And watch the lights go out 看着灯火就这样的消失在你的光芒下Just keep on keepin your eyes on me 就让你美丽的双眼一直注视着我，It"s just wrong enough to make it feel right 这样的错误,让我感觉如此美妙Lead me up the staircase 在微弱的光亮下，将我领上楼梯Won"t you whisper soft and slow你会温柔的在我耳边说着悄悄话吗？I"m captivated by you baby 你已经彻底迷住了我的心like a fireworks show 如同烟火般灿烂于天际Drop everything now 放下所有的事情吧Meet me in the pouring rain 我和你约在瓢泼大雨之中Kiss me on the sidewalk 亲吻在街边的人行道上Take away the pain 将所有的痛楚都带离了我cause I see, sparks fly whenever you smile 我好像能看见，当你微笑的时候，火花正在绽放Get me with those green eyes, baby 宝贝，你绿色的眼睛就这样得到了我的心As the lights go down 就好像绚丽的灯光都黯然失色Something that"ll haunt me when you"re not around 当你不在我身边的时候，有些东西会萦绕于脑际，难以忘却cause I see, sparks fly whenever you smile我好像能看见，当你微笑的时http://www.k**.cn/yinyue/886007/

话不够，音乐凑

这个小男孩很害羞，除非别人跟他讲话否则他从来不说话， unless spoken to是 除非有人跟他讲话，是被动语态所以用过去分词，to是speak这个动词介词，必须加上。 unless spoken to是“unless someone speaks to the boy” 的简洁的被动表达法

原句并没有使用副词clearly比较级。副词clearly的比较级是more clearly。

智者寡言 A wise man who knows most ,but he speak little.

英语谚语: Who knows most speaks (or says) least 中文意思: 大巧若拙。 随机推荐10条英文谚语： A man without reason is a beast in season 人无理智就像是一头 *** 的野兽。 A match will set fire to a large building 星星之火，可以燎原。 Ambition never dies until there is no way out 不到黄河心不死。 A merry heart goes all the way 生性乐天，终身受用。 A middle course is the safest 中庸之道最保险。 A miserly father makes a prodigal son 爱钱如命的父亲生个儿子挥金如土。 A miss is as good as a mile 失之毫厘，差之千里。 A moneyless man goes fast through the market 一个没钱的人很快穿过市场。 Among the blind the one-eyed man is king 山中无老虎，猴子称霸王。 A mother"s love never changes 母爱永恒。 英语谚语: Who knows most speaks (or says) least 中文意思: 大巧若拙。