salmon

　　鱼油类，营养成分脂溶　　每天在就餐时，服用一到两粒　　也可以在餐后服用　　以确保营养成分成分吸收　　补充一些小知识：　　产品使用注意事项　　1、鱼油适宜和卵磷脂一起服用，比较科学的比例是1：2或1：3。两者同时服用可以相互促进，增强协同作用。　　2、鱼油不要与钙片一起食用，会产生皂化反应，造成效果下降，可以分开吃。例如早晚吃鱼油，中午吃钙片；或者间隔2小时服用。鱼油空腹服用效果更佳,服用鱼油后,隔一小时以上再用餐,有利于鱼油的充分吸收。　　3、关于鱼油服用的剂量：根据FDA的剂量标准，单服用鱼油胶囊，建议一天不超过2500毫克(如安美瑞鱼油每天服用两粒即可)。有资料表示，超大剂量的鱼油可能会促进动脉粥状硬化，损伤动脉血管壁。　　4、对水产食品过敏的人，本身可能不清楚对鱼的哪一部位过敏，所以不建议过敏者食用。　　5、正在服用阿司匹林、降血脂药物也不适合食用鱼油。　　6、服用鱼油会增加血管通透性，凝血功能不全者（如血友病患者）不适宜服用。此外，已经发生动脉硬化的高血压患者服用鱼油要服用维生素E、OPC（低聚原花青素）等抗氧化剂，可以增加血管稳定性。　　7、鱼油食品容易氧化，可以冷冻或冷藏，减缓氧化的速度。　　错误观点说明（或选择“××”保健食品的误区）　　1、只选“深海鱼油”、“阿拉斯加”。 所谓“深海”、 “阿拉斯加”只是商家所造的概念，不少商家是买现成的鱼油直接进行灌装，就制成了所谓的深海鱼油。更有甚者，就直接从日常的鱼肉或植物油中提取。据了解，上世纪九十年代，日本相模研究所较早从深海中进行了捕捞，但是结果从那些鱼身上只提取了1公斤鱼油，这也许是真正意义上的深海鱼油了。　　2、鱼油本身含维生素E，不需要再补充抗氧化剂。鱼油胶囊中的维生素E是为了防止鱼油被氧化，补充抗氧化剂是为了增加血管稳定性。　　3、进口鱼油比国产鱼油质量好。不可否认，部分国内鱼油生产商不注重质量，但是，鱼油的生产技术已经是一项成熟技术，根据国家质检总局的检查结果，国产鱼油的质量平均高于进口鱼油。而且，不少标称“进口”的鱼油实际上就是国内生产的。　　4、含有DPA的鱼油比其它鱼油效果好。其实任何鱼油中都含有DPA，它是鱼油中“3A”之一。只不过国家鱼油行业标准中规定不准在包装上体现DPA的含量。凡是宣传DPA含量的做法，都是违反国家有关规定的。　　5、全家吃1瓶鱼油。鱼油虽然全家都能服用，但服用的型号应当有所不同。不同年龄的吸收能力不同，不同人群所需要鱼油的配比也有所不同。　　希望可以帮到你

这个句子不是一个简单句,句子中有定语从句,句子应该这样分析:主语是The salmon,而that are left 是做句子中做定语,是定语从句,修饰主语的,什么样的The salmon ,是被留下的,而且这里是可以省略一部分内容的,就直接这样也是正确的:The salmon left kept swimming. 真正的谓语应该是keep,因为keep在这里是[继续]的意思,所以在其后面的动词用了动名词形式. 句子的意思为:这些被留下的鲑鱼还在不停的游泳!

官网： http://weizhongli-lab.org/cd-hit/ conda 地址： https://anaconda.org/bioconda/cd-hit 参数 M：内存，单位M，默认800 T：线程，默认1 c: identity 0.9 by default 参考： CD-hit安装及使用 Salmon(硅鱼)是一款新的、极快的转录组计数软件，也被用于宏基因组bin定量(metawarp_quant)。这里我用salmon计算所有bin中预测基因的TPM。 文献：Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression 杂志：Nature Methods 时间：2017 Github: https://salmon.readthedocs.io/en/latest/salmon.html 1 构建salmon index 参数： -t [ --transcripts ] arg Transcript fasta file -i [ --index ] arg salmon index --type arg (=quasi) The type of index to build; the only option is "quasi" in this version of salmon -k [ --kmerLen ] arg (=31) The size of k-mers that should be used for the quasi index 2 计算基因TPM 其中的quant.sf文件就是我所需的所有 bin 基因在此样品中的TPM。所以的样品计算完成后通过合并TPM表可得到样品-bin-基因总TPM表。将在以后的博文中继续分享。 3 quant.sf合并 同事合并两组salmon丰度计算结果 参考： 不比对快速估计基因丰度Salmon FPKM、TPM数据标准化 https://salmon.readthedocs.io/en/latest/salmon.html https://www.biorxiv.org/content/10.1101/021592v3 FPKM / RPKM与TPM哪个用来筛选差异表达基因更准确？你可别逗了！ TPM可以认为是相对丰度，同一样本内总和为1。 python小脚本：重复行合并求和 python——将大文件切分为多个小文件

三文鱼肉红

部分单词的复数形式不变。读音变化：保持原音。例：fish—fish；sheep—sheep；cattle—cattle；deer—deer； salmon—salmon。salmon的复数还是salmon。

Swimming downstream: statistical analysis of differential transcript usage following Salmon quantification Salmon 进行转录本定量 转录组分析：RNA-seq pipeline through kallisto or salmon tximport 将 Salmon 定量结果导入 DESeq2 提取 genecode的gtf注释信息 我的例子，比较复杂 构建索引 比对 整理数据，分析差异

salmon是三文鱼。三文鱼是英文salmon的音译，我们通常所说的“三文鱼”其实是鲑鳟鱼类的商品名统称，并非一种鱼的科学名称，主要包含大西洋鲑等种类。三文鱼是一种溯河洄游鱼类，即产卵、孵化和幼鱼阶段均在淡水中完成，而生长期则洄游或人工放回到海水中，性成熟后再回到淡水中产卵。三文鱼鳞小刺少、肉色橙红、肉质细嫩鲜美，营养价值丰富，含丰富的DHA和EPA等ω-3脂肪酸，有助于预防冠心病及中风以及利于胎儿生长和脑神经发育等。此外，三文鱼还含有优质蛋白质及多种维生素和矿物质，例如维生素A和D，碘、硒、钙、铁等。

salmon的意思是鲑鱼。salmon是一个英语单词，名词、形容词，作名词时意为“鲑鱼；大马哈鱼；鲑肉色；鲑鱼肉；橙红色，粉橙色”，作形容词时意为“浅澄色的”。鲑鱼又称三文鱼，是深海鱼类的一种。其也是一种非常有名的溯河洄游鱼类，它在淡水江河上游的溪河中产卵。产后再回到海洋肥育。常用来食用，具有很高的营养价值和食疗作用。鲑鱼是所有三文鱼（Salmon）、鳟鱼（Trout）和鲑鱼（Char）三大类的统称。此外，北极灰鳟、大西洋油鲱、北美青鱼和北极寒鳟等也都属于鲑鱼科。科学家们通过对古化石的研究证明，鲑鱼在一亿多年前就已经生存在这个地球上了。在泥盆纪时期，无骨鱼经过进化逐渐演变而成后来的有骨鱼。科学家们采用分类学方法从鱼体的结构特征上发现鲑鱼共有十一个系列，六十六个品种。鲑鱼是一种漂亮的鱼，体呈银色，背和鳍上有斑点。它们通常吃浮游生物、昆虫幼虫、小虾和小鱼。它们的味觉很好，人们通常认为鲑鱼就是靠味觉从海洋重新游回到它们原来的出生地，这往往要逆流而上经过很多的障碍。有些鲑鱼一直生活在内陆，一生都在淡水河中。

salmon是一个英语单词，名词、形容词，作名词时意为“鲑鱼；大马哈鱼；鲑肉色；鲑鱼肉；橙红色，粉橙色”，作形容词时意为“浅澄色的”。salmon是一个英语单词，名词、形容词，作名词时意为“鲑鱼；大马哈鱼；鲑肉色；鲑鱼肉；橙红色，粉橙色”，作形容词时意为“浅澄色的”。鲑鱼又称三文鱼，是深海鱼类的一种。其也是一种非常有名的溯河洄游鱼类，它在淡水江河上游的溪河中产卵。产后再回到海洋肥育。常用来食用，具有很高的营养价值和食疗作用。鲑鱼是所有三文鱼（Salmon）、鳟鱼（Trout）和鲑鱼（Char）三大类的统称。此外，北极灰鳟、大西洋油鲱、北美青鱼和北极寒鳟等也都属于鲑鱼科。科学家们通过对古化石的研究证明，鲑鱼在一亿多年前就已经生存在这个地球上了。在泥盆纪时期，无骨鱼经过进化逐渐演变而成后来的有骨鱼。科学家们采用分类学方法从鱼体的结构特征上发现鲑鱼共有十一个系列，六十六个品种。鲑鱼是一种漂亮的鱼，体呈银色，背和鳍上有斑点。它们通常吃浮游生物、昆虫幼虫、小虾和小鱼。它们的味觉很好，人们通常认为鲑鱼就是靠味觉从海洋重新游回到它们原来的出生地，这往往要逆流而上经过很多的障碍。有些鲑鱼一直生活在内陆，一生都在淡水河中。

trout是鳟鱼，价格更高，肉更红，脂肪更低，又叫彩虹鳟鱼。salmon是鲑鱼，肉质粉红，现在很时髦的健康食品。都是挪威的最好。完全就是大海里喂养的，屠宰过程全部自动化，手都不能碰一下，很卫生哦。

salmon trout一种似鲑的鳟鱼Rainbow Trout:彩虹鳟鱼|虹鳟鱼|硬头鳟中国没有.

鲑鱼就是三文鱼，只是鲑鱼是三文鱼的一种大类而已，并没有什么区别。三文鱼属硬骨鱼纲、鲑形目、鲑属，主要分布在大西洋与太平洋、北冰洋交界的水域，属于冷水性的高度洄游鱼类，被国际美食界誉为“冰海之皇”。三文鱼具有商业价值的品种有30多个，目前最常见的是2种鳟鱼（三文鳟、金鳟）和4种鲑鱼（太平洋鲑、大西洋鲑、北极白点鲑、银鲑）。扩展资料：鲑鱼的营养价值：鲑鱼肉有补虚劳、健脾胃、暖胃和中的功能可治消瘦、水肿、消化不良等症。 王鲑的脂肪含量最高，红鲑、大西洋鲑和银鲑的脂肪含量中等，生的粉鲑和大马哈鱼的肉质精瘦，鲑鱼具有补虚养胃的功效。营养成分：养殖三文鱼和挪威三文鱼肌肉中水分、灰分、粗蛋白质、粗脂肪的质量分数分别为62.10%、1.92%、21.01%、14.94%和69.01%、1.88%、21.66%、7.37%。两种三文鱼肌肉中均含18种氨基酸，总氨基酸含量、8种人体必需氨基酸、5种呈味氨基酸。参考资料来源：百度百科-三文鱼参考资料来源：百度百科-鲑鱼

市面上好用高的气垫有很多，最近很多的鲑鱼气垫是日本salmon这个牌子的，在日本和我们国内都火的不行，非常好用，几乎使用过的人都大力赞美它。 鲑鱼气垫是什么牌子 salmon鲑鱼气垫是日本为数不多的气垫。秋冬天用滋润滋养，它的成分中含有鲑鱼干细胞精华妥妥护肤修复!防晒、遮瑕更是没问题。它的质地比气垫BB霜轻盈 体现在妆感轻薄细腻 更强调肌肤的修复和保养效果 适合包括敏感肌在内的所有肌肤使用。它不仅能满足对完美肤色的追求而且具有保湿、亮白等功效 上妆快的体验 更是一步就能打造无暇裸妆，对于注重彩妆妆感和护肤功效的女生来说 鲑鱼炫彩气垫霜更能满足需求。日本salmon鲑鱼气垫 这款火爆我们朋友圈的日本鲑鱼气垫，大家也都不陌生吧，好多人赞美的日本鲑鱼气垫到底怎么样呢?气垫的粉底很水润，粉扑按压在脸上能感觉得到滋润度满满，遮瑕效果中等，一般的瑕疵都能遮住，妆感很自然轻薄，不管什么肤色上完妆后皮肤都会很细腻有光泽感。缺点呢就是不分色号，对黄皮和白皮可能有不够白皙或过于假白的感觉，性价比不错，适合学生党的哦!日本salmon鲑鱼气垫价格 淘宝控价328元(没有替换芯)，最初是一个顾客推荐给我的，对我讲她自己屯了30个用，我就很纳闷什么气垫能让她屯30个自用，后来买到手我就迫不及待的想试试。上脸挺轻薄，瞬间吸收，然后过了几分钟觉得脸越来越白是渗进皮肤透露出来的那种白，白得特别自然，到了下午也不脱妆。鲑鱼精华30%提取，作为一个不化妆，也懒得化妆的人，现在有所感受了以前用其它bb，到了2-3个小时会觉得起油，要补妆的状态，但这款鲑鱼气垫，是有点皮肤透出来的感觉，一度认为这就是自己的皮肤的质地。 鲑鱼气垫针对大家的问题统一回复： 1：没有替换，建议大家直接下单2个!真心秒杀任何品牌气垫。 2：一个色，不分色号，白的，粉嫩的白，修容效果极好。 3：不容易脱妆，上妆绝对不卡粉，即使在同一个地方反复擦3-5遍，只会越擦越遮瑕，越擦越水光! 4：孕妇可用，敏感肌肤可用，痘痘肌可用，不闷痘!不会堵塞毛孔最后，真心好用!使用心得 1.没有替换，只有一个色号。色号属于比较偏粉的色调，比较自然稍微偏白皙一点点。肤色太白的妹纸不推荐，太黑的妹纸不推荐，正常肤色或者是稍微暗沉的肤色推荐，并不会死白! 2.上脸是水润光泽感，但是不油腻。干皮非常合适，偏油皮的妹纸也不会油腻，一层散粉就可以解决的问题; 3.粉质细腻，不卡粉，不浮粉; 4.遮瑕力不错，小的痘印，色沉都没问题; 5. 基本不脱妆，作为气垫，这点还是很牛逼的。但是皮肤太容易出油的妹纸，建议散粉加持的哦; 6.敏感肌可以用的，气垫很温和，不会导致过敏或者痘痘; 7.性价比可以说是非常的高了，基本上比雪花秀更好些木有什么压力! 8.SFP50,PA++++的防晒值，补妆什么的彻底够了!

SALMON是鲑鱼,大马哈鱼 大麻哈鱼 大麻哈鱼为冷水性溯河产卵洄游鱼类。原栖息于太平洋北部，在海洋里生活了3-5年后（通常4龄达性成熟）才在夏季或秋季成群结队进入黑龙江作生殖洄游，根据溯河时间可分为两个生物群，夏型和秋型；上溯进入中国境内的仅为秋型。大部分在下游产卵，到达上游产卵的仅为少数。它们沿江而上，日夜兼程，不辞辛劳，每昼夜可前进30-35公里，不管是遇到浅滩峡谷还是急流瀑布，都不退却，冲过重重阻扰，直到目的地。成鱼进入淡水生殖期间后便不摄食。大麻哈鱼对产卵场的条件要求很严，环境要僻静，水质澄清，水流较急，水温5-7℃，底质为砂砾地。产卵期为10下旬至11月中旬。产卵前雄鱼用尾鳍拍打砂砾，借水流的冲击，形成一个直径为100厘米左右，深约30厘米的圆坑，称为“卧子”；雌鱼产卵于卧子内，同时雄鱼射出精液。雌鱼并以尾鳍反复拨动砂砾，将卵埋好。产卵后雌雄鱼长期徘徊于产卵场周围。它们由于经过长途而艰辛的洄游，洄游其间又不再进食，加之筑“卧子”产卵，体力消耗殆尽，产卵后的大麻哈鱼，体色黑暗，体质消瘦，遍体是伤，已经失去食用价值。因此产卵后7-14天即死亡，艰苦地完成了繁衍后代的任务。终生只繁殖一次，产卵量在4000粒以上。受精卵孵化出的仔鱼喜欢潜伏在石砾间黑暗的地方，长至50毫米左右，便开始降河下海，沿途摄食小型浮游生物或死去的母体；到达海口时，逗留一段时间，即向远岸迁移；到达性成熟时再归入淡水河川完成繁衍后代的任务。大麻哈鱼为凶猛性的肉食性鱼类，幼鱼时吃底栖生物和水生昆虫，在海洋中主要以玉筋鱼和鲱等小型鱼类为食。 大麻哈鱼 大麻哈鱼的生活习性非常有趣，正象黑龙江渔民所说：“海里生，江里死”。大麻哈鱼是一种海河洄游性鱼类，它栖息于北太平洋肥育、生长。当它达到性成熟时，为了繁殖后代，一定要历尽千辛万苦，进入江河，上溯到产卵场生殖。在我国江河中产卵的大麻哈鱼，每年秋季（9-10月）来临时，成群结队渡过鄂霍次克海，绕过库页岛，溯黑龙江而上，日夜兼程，不辞劳苦，长途跋涉，不断前进，每昼夜前行30-35公里，不管是遇到浅滩峡谷或急流瀑布，它从不退却，冲过重重阻挠和越过层层障碍，直至游到目的地，找到合适的产卵场所。大麻哈鱼在前进中为了越过瀑布或障碍物时，以其尾部竭力击水，借高速游泳而向前上方斜跃出水面，跳往空中高可达2-2.5米。由于它善于跳跃，古拉丁文名取Salire，即跳跃之意，并沿化为英语Salmon。 大麻哈鱼 大麻哈鱼经过长途跋涉，且在洄游时不摄食，依靠体内储存的营养物质维持生命，因而长途旅行，忍饥挨饿和生殖期间体力的消耗，大多数亲鱼瘦弱而多伤病，尤其是雄鱼，更是体力消耗殆尽。因此生殖后不久，雄亲鱼便相继死无，完成了它毕生繁衍后代的任务。大部分雌鱼仍然返回海洋，得到丰富的食物，恢复常态。而受精卵经2个月的发育孵化，仔鱼潜伏在石砾间黑暗处，待翌年4月开江后，幼鱼已长至500毫米左右便开始降河下海，先在沿海逗留一段时间后再向外海迁移。待长成性成熟后再返回出生地完成繁衍后代的任务。

salmon是三文鱼。我们通常所说的“三文鱼”其实是鲑鳟鱼类的商品名统称，并非一种鱼的科学名称，主要包含大西洋鲑等种类。三文鱼是一种溯河洄游鱼类，即产卵、孵化和幼鱼阶段均在淡灶哪镇水中完成，而生长期则洄游或人工放回到海水中，性成熟后再回到淡水中产卵。三文鱼鳞小刺少、肉色橙红、肉质细嫩鲜美，营养价值丰富，含丰富的DHA和EPA等ω-3脂肪酸。此外，三文鱼还含有优质蛋白质及多种维生素和矿物质，例如维生素A和D，碘、硒、钙、铁等。很多人认为三文鱼都是野生的，其实不然。野生捕捞的三文鱼资源非常有限，生长速度缓慢，价格也非常高，远不能满足世界各国消费者的需求。因此，人工养殖三文鱼逐渐兴起，目前国缓颤内人工养殖三文鱼以淡水养殖为主，比例约占98%。不过，实际上吃养殖鱼比野生鱼可能还更安全些，因为人工养殖的整个过程都有精准缓颤的科学控制，还有进出口海关隐粗检疫等严格程序。怎样“远离”三文鱼中的寄生虫：1、通过大型商超等正规渠道购买三文鱼，或选择正规餐厅食用三文鱼。2、芥末、辣椒酱、柠檬汁、食醋、白酒等都不能杀灭三文鱼中的寄生虫，不要心存侥幸隐粗。3、老人、孕妇、婴幼儿及免灶哪镇疫力较弱的人，不宜生吃三文鱼。4、可以放在零下18℃的温度下冷藏，冷藏的时间要不低于36个小时，这样才能有效地扎实，三文鱼身上的寄生虫吃起来才会比较安全。

salmon的意思是鲑鱼。salmon是一个英语单词，名词、形容词，作名词时意为“鲑鱼；大马哈鱼；鲑肉色；鲑鱼肉；橙红色，粉橙色”，作形容词时意为“浅澄色的”。鲑鱼又称三文鱼，是深海鱼类的一种。其也是一种非常有名的溯河洄游鱼类，它在淡水江河上游的溪河中产卵。产后再回到海洋肥育。常用来食用，具有很高的营养价值和食疗作用。鲑鱼是所有三文鱼（Salmon）、鳟鱼（Trout）和鲑鱼（Char）三大类的统称。此外，北极灰鳟、大西洋油鲱、北美青鱼和北极寒鳟等也都属于鲑鱼科。科学家们通过对古化石的研究证明，鲑鱼在一亿多年前就已经生存在这个地球上了。在泥盆纪时期，无骨鱼经过进化逐渐演变而成后来的有骨鱼。科学家们采用分类学方法从鱼体的结构特征上发现鲑鱼共有十一个系列，六十六个品种。鲑鱼是一种漂亮的鱼，体呈银色，背和鳍上有斑点。它们通常吃浮游生物、昆虫幼虫、小虾和小鱼。它们的味觉很好，人们通常认为鲑鱼就是靠味觉从海洋重新游回到它们原来的出生地，这往往要逆流而上经过很多的障碍。有些鲑鱼一直生活在内陆，一生都在淡水河中。

salmon 名词：鲑鱼，鲑肉 形容词：浅橙色的

Control of salmonella spp . in aquatics of denmark and its effects 丹麦养殖业沙门氏菌的控制措施及其效果 In 2006 , the number of isolates of salmonella spp . tested was 1 二零零六年，沙门氏菌的测试样本数目有1个。 In 2001 , the number of positive specimens for salmonella spp . was 27 二零零一年度,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为27个。 For months april - june , the number of positive specimens for salmonella spp . was 1 四月至六月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为1个。 For months april - june , the number of positive specimens for salmonella spp . was 4 四月至六月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为4个。 For months april - june , the number of positive specimens for salmonella spp . was 0 四月至六月份，对沙门氏菌呈阳性的样本数目为0个。 For months april - june , the number of positive specimens for salmonella spp . was 13 四月至六月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为13个。 For months january - march , the number of positive specimens for salmonella spp . was 5 一月至三月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为5个。 For months july - september , the number of positive specimens for salmonella spp . was 3 七月至九月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为3个。 For months july - september , the number of positive specimens for salmonella spp . was 8 七月至九月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为8个。 For months january - march , the number of positive specimens for salmonella spp . was 0 一月至三月份，对沙门氏菌呈阳性的样本数目为0个。 For months july - september , the number of positive specimens for salmonella spp . was 0 七月至九月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为0个。 For months july - september , the number of positive specimens for salmonella spp . was 1 七月至九月份，对沙门氏菌呈阳性的样本数目为1个。 For months july - september , the number of positive specimens for salmonella spp . was 18 七月至九月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为18个。 For months january - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 5 一月至十二月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为5个。 For months october - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 4 十月至十二月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为4个。 For months october - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 1 十月至十二月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为1个。 For months october - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 3 十月至十二月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为3个。 For months january - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 0 一月至十二月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为0个。 For months october - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 9 十月至十二月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为9个。 For months october - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 0 十月至十二月份，对沙门氏菌呈阳性的样本数目为0个。 For months january - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 1 一月至十二月份，对沙门氏菌呈阳性的样本数目为1个。 For months january - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 30 一月至十二月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为30个。 For months january - december , the number of positive specimens for salmonella spp . was 10 一月至十二月份,对沙门氏菌呈阳性的样本数目为10个。 Microbiology of food and animal feeding stuffs - horizontal method for the detection of salmonella spp 食品和牲畜饲料的微生物学.沙门氏菌检测卧式方法 Microbiology of food and animal feeding stuffs - horizontal method for the detection of salmonella spp 食品和动物饲料的微生物学.测定沙门科菌属类的水平式检测方法 Indication ： for the treatment of bacterial enteritis caused by e . cop , salmonella spp . , proteus , dysentery bacillus , an d other organi *** s susceptible to neomycin 用于治疗禽畜的大肠杆菌、沙门氏菌、变形杆菌、痢疾杆菌以及其他对新霉素敏感菌感染引起的肠炎。 Foodborne illness refers to any illness that is related to food ingestion . it is monly caused by bacterial pathogens such as salmonella spp . however , certain foodborne pathogens may also gain entry into our body through skin cuts or abrasion during the handpng or preparation of food , e . g 经食物传播的疾病指所有与进食食物有关的疾病，这些疾病通常由沙门氏菌等细菌性致病原引起，但也有一些经食物传播的致病原，是透过处理或烹调食物时皮肤出现的伤口而入侵人体，创伤弧菌即为一例。 Many pai have been discovered in many pathogens to humans ( pathogenic e . cop , yersiniae spp . , salmonella spp . , vibrio cholerae et al . ) - among them , the pai of yersiniae which encodes siderophore yersiniabactin ( ybt ) system is designated high - pathogenicity island ( hpi ) . hpi is essential for the mouse virulence in yersiniae 其中，耶尔森菌中的一个与铁载体? ?耶尔森杆菌素( yersiniabactin , ybt )合成转运和调节有关的毒力岛被称为hpi毒力岛( high - pathogenicityisland ， hpi ) 。

这是RNA-seq上游分析的最后一站，seq数据定量。这一篇文章会介绍基于k-mer定量两软件：kallisto和salmon。其中关于kallisto的部分我会附上TBtools插件的用法。 抱歉又更新晚了，之前一直想尝试selected alignment method来定量RNA-seq数据。电脑不给力，试了好几次都失败了，只好放弃…… 如果你有兴趣，可以跳转进一步了解。 https://cloud.tencent.com/developer/article/1613847 安装kallisto还是很轻松 定量需要两步，第一步是对你的数据建立index。之后就能用建立好的index做RNA-seq数据定量。 建立目录的命令很简单： 由于可变剪切等原因，同一个mRNA可能有不止一个isoform，如果你只在乎某个基因转录了多少，不在乎有多少同一个mRNA有多少个isoform的话，那么可以用TBtools提取每个mRNA的最独特的序列。一般来讲提取的是所有isoform中最长的那个序列。听起来很合理，但有些时候会出问题，比如那个最长序列本身不太对的时候。 定量之后只需要一个for语句循环就能完成RNA-seq的定量 salmon的逻辑跟kallisto是一样的，都是先建立index再定量。 跟kallisto不同得地方是，salmon支持更多种的index模式 小麦因为基因组太大了，试了好几次建库都不完整，索性只说最简单的，既基于转录组数据建立index。如果你目标基因组比较小（如水稻，拟南芥），推荐你们尝试一下selective alignment。 地址为： https://combine-lab.github.io/alevin-tutorial/2019/selective-alignment/ 废话不多说，salmon的建立index得命令差不太多。就是把index和输出参数换了个位置 具体命令： 其中 -t 是转录组数据文件 -i 是输出地址 之后再进行定量就好 如果是双端测序数据 其中 -i 对应的是index地址 -1和-2对应双端测序两个fastq文件 -p 是设定核心数量 -o 是输出地址 这部分可能是最没必要讲的了。 都是最简单的东西了，需要注意的是，TBtools插件每次定量前都默认会重新建立一次index，所以……数据多的时候耗时会比较久…… 不过这个插件最后会自动统计并整理好gene counts和TPM文件，方便后续DEseq2的操作。 首先老版本好像有问题，新版本修复了。具体参考马省伟大佬的文章。 http://blog.sciencenet.cn/blog-1094241-1133526.html 其次，好像是不是alignment-free最终准确率都差不多。但是基于k-mer明显快很多，而且普通pc就能跑……具体参考发表在NC上的文章 https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4 抱歉鸽了这么久……也不知道为啥会鸽……

HeatherSalmonHeatherSalmon是一名演员，代表作品有《反恐特警组》、《Boycott》等。外文名：HeatherSalmon职业：演员代表作品：《反恐特警组》合作人物：克拉克·约翰森

但最近在做小RNA分析时却遇到了没有参考基因组注释文件（gtf/gff文件）的情况，而注释文件的缺失则意味传统的转录组定量分析是无法进行的。那在缺少注释文件的情况下，该如何进行定量分析呢？在各种搜索后发现了一款无需mapping便可进行定量的软件—— Salmon 。 Salmon软件于2017年发表在Nature Methods，其题目为 《Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression》 Salmon 提供2种运行模式，一是quasi-mapping直接读取 reads 文件；二是读取比对文件 sam/bam 进行mapping。 名词解释： 简单来说，k-mer是一段长度为k的序列，而后面的mer即为monomeric unit（单体单元），也就是每个碱基。因k-mer包含k个碱基，若一段核酸序列长度为L，以一个碱基为步长滑动，那么根据这个核酸序列就可以得到L-k+1个k-mer；由于每个位点的碱基可以为（A、T、C、G）中的任意一个，因此k-mer理论上说有个不同的序列。原本一条长片段，就变成了很多短的片段，因此计算机处理的碱基数量也会增加很多倍。而且，每次取k-mer是同一条reads正反取两次，这就是对这条reads的反向互补序列再取一次k-mer。下面的图就形象化了这一过程，长度为15的序列，选取k-mer为5，那么就会得到11（15-5+1=11）个5-mer。 3、输出文件 主要输出文件为 quant.sf ，该文件共有5列，分别是Name，Length ，EffectiveLength，TPM和NumReads。 其他输出文件： cmd_info.json ： JSON格式文件，记录salmon程序运行的命令和参数 lib_format_counts.json ： Observed library format counts。当运行salmon是 mapping-based mode时，则会生成改文件。 JSON格式文件，记录有关文库格式和reads比对的情况。 eq_classes.txt ： Equivalence class file。当Salmon运行时，应用参数--dumpEq，则会生成此文件。 aux_info ： 辅助文件夹，内含多个文件 fld.gz ：在辅助文件夹中，该文件记录的是观察到的片段长度分布的近似值 obs5_seq.gz, obs3_seq.gz, exp5_seq.gz, exp5_seq.gz ： Sequence-specific bias files expected_gc.gz, observed_gc.gz ： 当Salmon运行时，应用fragment-GC bias correction，在辅助文件夹中则会生成这两个文件。记录Fragment-GC bias。 meta_info.json ： JSON格式文件，记录salmon程序运行的统计信息 ambig_info.tsv ： tab分隔符的文本文件，含有两列。记录的是每个转录本对应的 the number of uniquely-mapping reads 和 the total number of ambiguously-mapping reads Transcripts Per Kilobase of exonmodel per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的Transcripts)，优化的RPKM计算方法，可以用于同一物种不同组织的比较。 TPM概括了基因的长度、表达量和基因数目。TPM可以用于同一物种不同组织间的比较，因为sum值总是唯一的。 计算公式：PMi=(Ni/Li)*1000000/sum(Ni/Li+……..+ Nm/Lm) 其中：Ni：mapping到基因i上的read数； Li：基因i的外显子长度的总和 http://blog.sciencenet.cn/blog-1113671-1038659.html

查看帮助文档 目前，Salmon有两种不同的方法---支持将reads比对到transcriptomes，分别是(SMEM-based) lightweight-alignment 和 quasi-mapping。SMEM-based mapping是Salmon自带的轻量级的比对方法；而 quasi-mapping这种比对方法相对较新较快。这两种方法的使用均是通过 quant 命令来应用的，但是两者比对方法所应用到的索引不同。 quasi-mapping 应用到的数据结构是：a combination of data structures—a hash table, suffix array (SA) and efficient rank data structure quasi-mappings的详情见： RapMap: a rapid, sensitive and accurate tool for mapping RNA-seq reads to transcriptomes Quantification File： quant.sf quant.sf 文件有5列，分别是Name，Length ，EffectiveLength，TPM和NumReads。分别表示的含义如下所述： 补充： FPKM，RPKM，RPM以及TPM的关系之见解 RPKM (Reads Per Kilobase Million) FPKM (Fragments Per Kilobase Million) TPM(Transcripts Per Kilobase Million) RPM (Reads per million) CPM (Counts per million) TPM ： Transcripts Per Kilobase of exonmodel per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的Transcripts)，优化的RPKM计算方法，可以用于同一物种不同组织的比较。 TPM概括了基因的长度、表达量和基因数目。TPM可以用于同一物种不同组织间的比较，因为sum值总是唯一的。 cmd_info.json ： JSON格式文件，记录salmon程序运行的命令和参数 lib_format_counts.json ： Observed library format counts。当运行salmon是 mapping-based mode 时，则会生成改文件。 JSON格式文件，记录有关文库格式和reads比对的情况。 eq_classes.txt ： Equivalence class file。当Salmon运行时，应用参数 --dumpEq ，则会生成此文件。 aux_info ： 辅助文件夹，内含多个文件 fld.gz ：在辅助文件夹中，该文件记录的是观察到的片段长度分布的近似值 obs5_seq.gz, obs3_seq.gz, exp5_seq.gz, exp5_seq.gz ： Sequence-specific bias files expected_gc.gz, observed_gc.gz ： 当Salmon运行时，应用fragment-GC bias correction，在辅助文件夹中则会生成这两个文件。记录Fragment-GC bias。 meta_info.json ： JSON格式文件，记录salmon程序运行的统计信息 ambig_info.tsv ： tab分隔符的文本文件，含有两列。记录的是每个转录本对应的 the number of uniquely-mapping reads 和 the total number of ambiguously-mapping reads 参考： Salmon---a tool for wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

HilarySalmonHilarySalmon是一名制作人，代表作品有《贝斯特》、《第三十九级台阶》等。外文名：HilarySalmon职业：制作人代表作品：《贝斯特》合作人物：ColinBarr

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