miRNA的靶基因和miRNA前体所在的基因是一个吗?两者有关联吗?在TarBASE上的miRNAd的targets是哪

做real time或者northern看靶基因mRNA的表达下降,northern做的好了还能看到mRNA被降解的片段.

找到的都是抑制的 不过是预测的 需要做Luciferase real-time western分别从不同水平验证

TA (target site abundance) contribution
SPS (seed-pairing stability) contribution
这篇文献对这两个指标做了很详尽的说明
其中图4d,很形象的把这两个指标作图来比较不同数值的miRNA的效率.

请问miRNA靶基因验证时怎么突变靶基因的3‘UTR结合位点 - 分子...
例如:靶基因和miRNA的结合位点序列为:CAUUUCA,那应该怎么突变,不知道是突变其中一个还是几个碱基.看文献有的只突变1个碱基,有的突变2个碱基,不知道有没有什么

　　微小RNAs(microRNAs,miRNAs)是一类基因组编码、非蛋白质编码的小RNA,在转录后水平负性调节靶基因表达.本研究探讨miRNAs在自发性高血压大鼠(spontaneously
hypertensive
rats,SHR)主动脉的表达特征及其与高血压的关系.取4、8、16和24周龄雄性SHR大鼠及同龄正常血压对照(Wistar-Kyoto,WKY)大鼠.MiRanda、TargetScan和PicTar用于候选miRNAs及靶基因预测分析.通过实时定量RT-PCR检测大鼠主动脉miR-1、miR-133a、miR-155及miR-208的表达,并进一步通过实时定量RT-PCR检测呈差异表达的miR-155和miR-208的预测靶基因mRNA表达.结果显示,SHR大鼠主动脉miR-155表达在4、8、24周时与同龄WKY大鼠无显著差异,但在16周时明显低于同龄WKY大鼠(P0.05),且大鼠主动脉miR-155表达量与血压呈负相关(r=-0.525,P0.05).MiR-208表达在4周龄时最高,随年龄增长明显下降(P0.05),其表达水平与血压和年龄呈负相关(r=-0.400,P0.05;r=-0.684,P0.0001),但在SHR和WKY大鼠之间无显著差异.miR-1和miR-133a在各年龄组SHR和WKY大鼠间未呈现差异表达.MiR-155和miR-208表达与相应预测靶基因mRNA表达无显著负相关性.以上结果表明,miR-155表达在成年SHR大鼠主动脉明显低于WKY,并与血压呈负相关,提示miR-155可能参与高血压的发生发展,主动脉miR-155表达异常可能是SHR大鼠血压升高的原因之一.大鼠主动脉miR-208表达在幼年时最高,随年龄增长而明显下降,提示其可能与血管发育有关.

TAQMAN一般25-35个碱基吧,最好和模板完全匹配,结合会更好,当然,有一两个碱基不配对也不会影响扩增曲线.MGB是来进行检测SNP位点的吧,一般将SNP位点设置在探针3·末端倒数几个碱基处,可以有效区分.

简单的说法就是蛋白质和核酸结合的检测方法,一般来说,在基因表达调控中,参与调控的转录因子是各种蛋白质,因此研究转录因子的一个主要内容就是研究蛋白质与DNA之间的相互作用.主要的检测方法有：电泳迁移率改变分析足迹法染色质免疫沉淀染色质免疫沉淀一DNA基因芯片生物信息学方法荧光素酶报告系统基因表达谱芯片,经qPCR和Western进一步验证.详细可进一步查找相关文献!