blastp

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blastp结果中加号含义是什么?再就是怎么看结果呢?

基本是化学性质相同的氨基酸

用Homologene或BlastP从蛋白质数据库中找出15种以上与其高度同源(Coverage>80%, 相似性>80%)的蛋白质序,

不需要设置参数,直接按照默认值搜就行了,然后在结果中进行筛选。其中最重要的参数就是e-value, 一般对蛋白而言设置在e-10。筛选:1用眼睛看。 2.用程序筛。 需要类似的工具可以联系我,帮你定制。

同一个氨基酸序列先后用NCBI的protein blastp后得到的保守结构域不同是为什么?

不同的软件对蛋白保守结构域的预测都是不同的,因为不同网站里的数据库与数据计算方式都可能不一样,结果也就会有差异。个人通常选择NCBI预测,但是如果是研究蛋白结构方面的内容,建议多选择几种蛋白预测网站试试。

怎么将提取的蛋白序列,用blastp搜索5个同源蛋白

首先除了氨基酸序列以外其它信息不要包括检查氨基酸序列,看是否有U存在。

NCBI上做blastP有Refseq-protein和Non-Reqprotein两个database,区别是什么?另外Accession的意义是什么?

是否包含蛋白序列的数据库 Accession是蛋白的序号

BLASTp outfmt 6输出格式的解读

跑了blastp发现输出格式没有标题: 查找了一下,列名分别为: 参考资料: http://www.metagenomics.wiki/tools/blast/blastn-output-format-6

用一个蛋白质序列blastp和对应的cds序列blastn结果有什么异同,,,

你好,很高兴回答阁下的问题!blastp是用氨基酸序列比对蛋白序列数据库,blastn是用核苷酸序列比对核苷酸序列数据库。另外,还有一些比对方法,比如tblastn 是输入核苷酸序列比对蛋白序列数据库,本质都是比对,只是使用时输入和输出序列格式不同。如阁下所问,如果是对应的氨基酸序列和核苷酸序列,结果应该是一致的。纯手工书写,如有需要,可进一步追问,希望采纳啊!

blastp,psi-blast和phi-blast的异同

zz步骤① 首先用常规的blastp在目标数据库中进行比对搜索。② 位点特异性反复比对,从第①步得到的结果中构建多列比对。然后为每个比对建立一个专门的搜索矩阵(position-specific scoring matrix PSSM) 0③ 用第②得到的定点评分矩阵再一次搜索原来的数据库④ PSI-BLAST评估统计显著性(E values)。⑤ 重复②u301c④,一般要重复5次。

blastp名词解释

blastp 爆破爆破 [ bào pò ] 生词本基本释义 详细释义 [ bào pò ]用炸药的爆炸威力破坏物体。军事上用以杀伤敌人,炸毁敌方技术兵器,破坏军事目标等。经济建设中用于采矿、筑路和兴修水利等。

BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么?

blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较;Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较,可以寻找较远的关系;Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对,对分析新序列和EST很有用;Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列(双链)按不同的阅读框进行比对,对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用