1982年 1981年，国务院的工作部门有100个，达到建国以来的最高峰。臃肿的管理机构已不能适应改革开放和经济社会发展的需要，亟待改革。 1982年3月8日，五届全国人大常委会第二十二次会议通过了关于国务院机构改革问题的决议。这次改革明确规定了各级各部的职数、年龄和文化结构，减少了副职，提高了素质；在精简机构方面，国务院各部门从100个减为61个，人员编制从原来的5．1万人减为3万人。 1988年 1988年4月9日，七届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案，启动了新一轮的机构改革。 这次改革着重于大力推进政府职能的转变。政府的经济管理部门要从直接管理为主转变为间接管理为主，强化宏观管理职能，淡化微观管理职能。其内容主要是合理配置职能，科学划分职责分工，调整机构设置，转变职能，改变工作方式，提高行政效率，完善运行机制，加速行政立法。改革的重点是那些与经济体制改革关系密切的经济管理部门。改革采取了自上而下，先中央政府后地方政府，分步实施的方式进行。 通过改革，国务院部委由原有的45个减为41个，直属机构从22个减为19个，非常设机构从75个减到44个。在国务院66个部、委、局中，有32个部门共减少1．5万多人，有30个部门共增加5300人，增减相抵，机构改革后的国务院人员编制比原来减少了9700多人。 1993年 1993年3月22日，第八届全国人大一次会议审议通过了关于国务院机构改革方案的决定。方案实施后，国务院组成部门、直属机构从原有的86个减少到共59个，人员减少20％。1993年4月，国务院决定将国务院的直属机构由19个调整为13个，办事机构由9个调整为5个。国务院不再设置部委归口管理的国家局，国务院直属事业单位调整为8个。此外，国务院还设置了国务院台湾事务办公室与国务院新闻办公室。 1998年 1998年3月10日，九届全国人大一次会议审议通过了关于国务院机构改革方案的决定。改革的目标是：建立办事高效、运转协调、行为规范的政府行政管理体系，完善国家公务员制度，建设高素质的专业化行政管理队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的政府行政管理体制。 根据改革方案，国务院不再保留的有15个部、委。新组建的有4个部、委。更名的有3个部、委。改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门由原有的40个减少到29个。 从1998年开始，国务院机构改革首先进行，随后中共中央各部门和其它国家机关及群众团体的机构改革陆续展开；1999年以后，省级政府和党委的机构改革分别展开；2000年，市县乡机构改革全面启动。截至2002年6月，经过四年半的机构改革，全国各级党政群机关共精简行政编制115万人。 2003年 2003年3月10日，十届全国人大一次会议第三次全体会议以绝对多数通过了关于国务院机构改革方案的决定。方案特别提出了“决策、执行、监督”三权相协调的要求。除国务院办公厅外，国务院29个组成部门经过改革调整为28个，不再保留国家经贸委和外经贸部，其职能并入新组建的商务部。 根据方案，国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会，其任务是研究拟订经济和社会发展政策，进行总量平衡，指导总体经济体制改革。 国家药品监督管理局重组为国家食品药品监督管理局，原属于国家经贸委管理的国家安全生产监督管理局改为国务院直属机构。同时，将国家计划生育委员会更名为国家人口和计划生育委员会。设立国务院国有资产监督管理委员会（简称“国资委”），以指导推进国有企业改革和重组；设立中国银行业监督管理委员会（简称“银监会”），以加强金融监管，确保金融机构安全、稳健、高效运行。 2008年 2008年3月12日，在中国第十一届全国人大一次会议第四次全体会议上公布《国务院机构改革方案》，指出国务院将新组建工业和信息化部、交通运输部、人力资源和社会保障部、环境保护部、住房和城乡建设部。此次国务院机构改革，涉及调整变动的机构共15个，正部级机构减少4个。调整后，除国务院办公厅外，国务院组成部门设置27个，较目前减少1个。
