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keep-off-the-tracks中文什么意思

2023-07-30 09:24:23
共1条回复
马老四

keep off the tracks

远离轨道

双语例句

1

The local police had warned visitors to keep off the beach at night.

当地警方告诫游客不要在夜间去海滩。

2

Keep off the grass ( or lawn).

请勿践踏草地。

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二、sort流程 Deepsort的前身是sort算法,sort算法的核心是卡尔曼滤波算法和匈牙利算法。 卡尔曼滤波算法作用:该算法的主要作用就是当前的一系列运动变量去预测下一时刻的运动变量,但是第一次的检测结果用来初始化卡尔曼滤波的运动变量。 匈牙利算法的作用:简单来讲就是解决分配问题,就是把一群检测框和卡尔曼预测的框做分配,让卡尔曼预测的框找到和自己最匹配的检测框,达到追踪的效果。 sort工作流程如下图所示: Detections是通过目标检测到的框框。Tracks是轨迹信息。 整个算法的工作流程如下: (1)将第一帧检测到的结果创建其对应的Tracks。将卡尔曼滤波的运动变量初始化,通过卡尔曼滤波预测其对应的框框。 (2)将该帧目标检测的框框和上一帧通过Tracks预测的框框一一进行IOU匹配,再通过IOU匹配的结果计算其代价矩阵(cost matrix,其计算方式是1-IOU)。 (3)将(2)中得到的所有的代价矩阵作为匈牙利算法的输入,得到线性的匹配的结果,这时候我们得到的结果有三种,第一种是Tracks失配(Unmatched Tracks),我们直接将失配的Tracks删除;第二种是Detections失配(Unmatched Detections),我们将这样的Detections初始化为一个新的Tracks(new Tracks);第三种是检测框和预测的框框配对成功,这说明我们前一帧和后一帧追踪成功,将其对应的Detections通过卡尔曼滤波更新其对应的Tracks变量。 (4)反复循环(2)-(3)步骤,直到视频帧结束。 三、Deepsort算法流程 由于sort算法还是比较粗糙的追踪算法,当物体发生遮挡的时候,特别容易丢失自己的ID。而Deepsort算法在sort算法的基础上增加了级联匹配(Matching Cascade)和新轨迹的确认(confirmed)。Tracks分为确认态(confirmed),和不确认态(unconfirmed),新产生的Tracks是不确认态的;不确认态的Tracks必须要和Detections连续匹配一定的次数(默认是3)才可以转化成确认态。确认态的Tracks必须和Detections连续失配一定次数(默认30次),才会被删除。 Deepsort算法的工作流程如下图所示: 整个算法的工作流程如下: (1)将第一帧次检测到的结果创建其对应的Tracks。将卡尔曼滤波的运动变量初始化,通过卡尔曼滤波预测其对应的框框。这时候的Tracks一定是unconfirmed的。 (2)将该帧目标检测的框框和第上一帧通过Tracks预测的框框一一进行IOU匹配,再通过IOU匹配的结果计算其代价矩阵(cost matrix,其计算方式是1-IOU)。 (3)将(2)中得到的所有的代价矩阵作为匈牙利算法的输入,得到线性的匹配的结果,这时候我们得到的结果有三种,第一种是Tracks失配(Unmatched Tracks),我们直接将失配的Tracks(因为这个Tracks是不确定态了,如果是确定态的话则要连续达到一定的次数(默认30次)才可以删除)删除;第二种是Detections失配(Unmatched Detections),我们将这样的Detections初始化为一个新的Tracks(new Tracks);第三种是检测框和预测的框框配对成功,这说明我们前一帧和后一帧追踪成功,将其对应的Detections通过卡尔曼滤波更新其对应的Tracks变量。 (4)反复循环(2)-(3)步骤,直到出现确认态(confirmed)的Tracks或者视频帧结束。 (5)通过卡尔曼滤波预测其确认态的Tracks和不确认态的Tracks对应的框框。将确认态的Tracks的框框和是Detections进行级联匹配(之前每次只要Tracks匹配上都会保存Detections其的外观特征和运动信息,默认保存前100帧,利用外观特征和运动信息和Detections进行级联匹配,这么做是因为确认态(confirmed)的Tracks和Detections匹配的可能性更大)。 (6)进行级联匹配后有三种可能的结果。第一种,Tracks匹配,这样的Tracks通过卡尔曼滤波更新其对应的Tracks变量。第二第三种是Detections和Tracks失配,这时将之前的不确认状态的Tracks和失配的Tracks一起和Unmatched Detections一一进行IOU匹配,再通过IOU匹配的结果计算其代价矩阵(cost matrix,其计算方式是1-IOU)。 (7)将(6)中得到的所有的代价矩阵作为匈牙利算法的输入,得到线性的匹配的结果,这时候我们得到的结果有三种,第一种是Tracks失配(Unmatched Tracks),我们直接将失配的Tracks(因为这个Tracks是不确定态了,如果是确定态的话则要连续达到一定的次数(默认30次)才可以删除)删除;第二种是Detections失配(Unmatched Detections),我们将这样的Detections初始化为一个新的Tracks(new Tracks);第三种是检测框和预测的框框配对成功,这说明我们前一帧和后一帧追踪成功,将其对应的Detections通过卡尔曼滤波更新其对应的Tracks变量。 (8)反复循环(5)-(7)步骤,直到视频帧结束。
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Love Me Tender 06. 听雨 07. 乘着爱自由的飞 08. The Water is Wide 09. 别这样我会哭 10. Last Night 11. 不愿说再见(Don"t wanna say good-bye) 1997年 白纸White Paper(福茂) TRACKS 01. 在每一秒里都想见到你 02. 不要开灯 03. 爱在思念蔓延时 04. 认真 05. 放逐思念 06. 白纸 07. 给我你的手 08. Dream Again 09. 想家 10. 四月还会下雪 1998年 我用生命爱你I Want to Spend My Life Time Loving You(新力)TRACKS 01. 我用生命爱你 1998年 公转自转 Revolution(新力) TRACKS 01. 公转自转 02. 梦想被冷冻 03. 爱你等于爱自己 04. One of these days 05. 我的情歌 06. 信任 07. 不管怎样 08. 2000年 09. 你以为我是谁 10. Please come back to me 2000年 永远的第一天 Forever"s First Day(新力) TRACKS 01. Introduction (序曲) 02. 永远的第一天 03. 爱在思念蔓延时 04. 龙的传人 05. 不要害怕 06. 狂想世界 07. 伤口是爱的笔记 08. 欢喜城 09. 忘了时间忘了我 10. 这就是爱 11. 你可以告诉我(你还爱谁) 2001年 王力宏创世纪影音全纪录 LeeHom Music Century(新力) TRACKS 01. Take Your Time 02. 爱我的歌 03. 每天爱你廿四小时(粤语) 04. 每天爱你廿四小时 05. Take Your Time 06. 公转自转 07. 爱你等于爱自己 08. 信任 09. 不可能错过你 10. 流泪手心 11. Julia 12. 永远的第一天 13. 龙的传人 14. 不要害怕 2001年 唯一 The One and Only(新力) TRACKS 01. 唯一 02. 爱的就是你 03. 谢绝推销你的爱 04. 安全感 05. 戒不了你 06. 不必问别人 07. 白狐狸 08. 变坏 09. If You Knew 10. 我要 11. 爱的就是你 (浪漫版 2002年 95-02 新歌+精选《王力宏的音乐进化论>95-02Evolution(新力) TRACKS DISK A A01. W-H-Y A02. Julia A03. 公转自转 A04. 唯一 A05. 不要害怕 A06. 不可能错过你 A07. 爱你等于爱自己 A08. 如果你听见我的歌 A09. Take Your Time A10. 爱的就是你 A11. Light Of My Life A12. 我用生命爱你 A13. LAST NIGHT DISK B B01. 两个人不等于我们 B02. 每一秒里都想见到你 B03. 流泪手心 B04. 白纸 B05. 永远的第一天 B06. 情敌贝多芬 B07. 好想你 B08. 雪人 B09. NATURE B10. China White B11. Happiness×3 Loneliness×3 B12. Like A Gunshot B13. 龙的传人 2003年 唯一(单曲) Last Night(新力) TRACKS 01. 唯一(中文版) 02. Last Night 03. 唯一(日文版) 2003年 唯一(专辑) The Only One(新力) TRACKS 01. 唯一 02. Last Night 03. Like A Gunshot 04. 流泪手心 05. Light Of My Life 06. China White 07. 不要害怕 08. 爱的就是你 09. Mary Says 10. Julia 11. 公转自转 12. 爱你等于爱自己 13. 不可能错过你 14. As Long As I Love You 15. 唯一(日文版) 2003年 爱的奇迹 miracle of love(新力) TRACKS 01. 爱的奇迹 征集歌词 02. 流泪手心(Japanese Version) 03. 二个人不等于我们(中文版) 2004年 不可思议 Unbelievable(新力) TRACKS 01. Ya Birthday 02. 你不在 03. Love Love Love 04. 女朋友 05. 此刻你心里想起谁 06. 不可思议电台 07. 你和我 08. 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2023-07-30 06:28:512

文献阅读笔记:CUT&Tag

题目: CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells 许多染色质特征在调控基因表达中起着重要作用。要完全理解基因调控,需要在小样本细胞中以高分辨率绘制特定染色质特征。在这里,我们描述了Cleavage Under Targets and Tagmentation (CUT&Tag),它是一种酶栓系(enzyme-tethering)策略,提供了高效的高分辨率测序文库来分析不同的染色质成分。在CUT&Tag中,染色质蛋白被一种特异性抗体原位结合,然后将蛋白A - Tn5转座酶融合蛋白栓在一起。转座子酶的激活有效地产生具有高分辨率和极低背景的片段文库。从活细胞到测序文库的所有步骤都可以在实验台上的单个管或高通量管道中的微孔中完成,并且整个过程可以在一天内完成。我们通过分析组蛋白修饰、RNA聚合酶II和转录因子在低细胞数量和单细胞上的应用,证明了CUT&Tag的用途。 大规模平行测序的出现和每个碱基成本的大幅降低推动了基因组学革命,然而,由于用于绘制染色质片段的方法存在局限性,表观基因组分析的前景一直滞后。染色质免疫沉淀测序技术(ChIP-seq)及其衍生方法具有信号低、背景高和交联导致的表位掩蔽等缺点,且需要大量的细胞。ChIP的替代方法包括对非固定细胞的酶拴系方法,如DamID7、ChEC-seq和CUT&RUN,将感兴趣的蛋白质定位在原位,然后进行全基因组分析。例如,CUT&RUN基于ChIC策略,通过连续结合特定抗体来map染色质蛋白,然后将Protein A/微球菌核酸酶(pA-MNase)融合蛋白固定在可渗透细胞(不交联)。通过添加钙激活MNase,将片段释放到上清液中,进行DNA提取、文库制备和paired-end测序。CUT&RUN提供了与ChIP-seq相比背景信号低得多的特定染色质组分的碱基对分辨率,大大降低了全基因组分析的成本。 虽然CUT&RUN只需要100-1000个细胞就可以产生高质量的数据,但它必须随后进行DNA末端修饰和adapters连接来准备测序文库,这增加了整个过程的时间、成本和工作量。此外,通过CUT&RUN方法将MNase切割后的片段释放到上清液中并不适合应用于单细胞平台。 (意思是CUT&RUN虽然很牛,但是做单细胞还是不行的) 在这里,我们克服了ChIP-seq和CUT&RUN的局限性,使用了由超活性Tn5转座酶-蛋白A (pA-Tn5)融合蛋白负载的测序adapters组成的转座体。在原位“栓系”后,激活pA-Tn5导致因子靶向标记,生成用于PCR富集和DNA测序的片段。从活细胞开始,CUT&Tag可以在一天内在实验台上或高通量方法中提供扩增的测序文库。我们证明,使用低细胞数甚至单个细胞,多种染色质成分可以在非常低的背景下被描绘出来。这种简单、低成本的方法将使表观遗传研究在生物研究的各个领域更加强大。 通过tagmentation实现染色质分析(图1a),我们用一种针对H3K27me3的抗体孵育完整的渗透的人类K562细胞,H3K27me3是一种丰富的组蛋白修饰,它标记沉默染色质区域。我们用抗兔的二抗孵育细胞,以增加染色质位点上的抗体结合局部浓度,然后用预载有测序adapters的过量pA-Tn5融合蛋白孵育细胞,在核里将酶系在抗体结合位点。转座体与暴露的DNA有内在的亲和性,因此我们在严格的条件下清洗细胞以去除未拴住的pA-Tn5。然后,我们通过添加Mg++激活转座体,整合含h3k27me3核小体spanning位点的adapters。最后,从纯化的DNA中富集片段文库,并将其汇集到Illumina HiSeq的flow cell上进行多重配paired-end测序。整个方案在一个管中操作所有步骤(图1b),其中渗透的细胞首先与抗体混合,然后固定在Concanavalin A包被的磁珠上,允许在所有连续的洗涤和试剂孵育步骤中对细胞进行处理。为了在实验之间进行标准化,我们使用来自于大肠杆菌转座子酶蛋白生产过程中提取的少量示踪基因组DNA来进行样本read counts的标准化,以代替CUT&RUN9中推荐的异体spike-in DNA。 在大约800万reads的人类基因组组装中,显示了H3K27me3标记的大染色质区域的清晰图谱(图2a)。我们还获得了H3K4me1和H3K4me2组蛋白修饰的图谱,标记了活跃的染色质位点。相比之下,用非特异性IgG抗体孵育细胞,产生非常稀疏的背景信号(图2a)。为了评估CUT&Tag的信噪比,我们将其与CUT&RUN和ChIP-seq生成的分析结果进行了比较,检测K562细胞中的H3K27me3(相同的兔单克隆抗体)。为了直接比较这三种技术,我们将每个数据集的读取深度设置为800万reads。三种方法的landscape都是相似的,但是在ChIP-seq数据集中背景噪声占主导地位(图2a),因此 ChIP-seq需要更多的reads来区分染色质特征和背景 。相比之下,CUT&RUN和CUT&Tag的背景噪声都非常低。正如预期的那样,在H1胚胎干细胞(H1 ES)不同的人类细胞类型中的同一染色质区域,观察到非常不同的profiles(图2b)。为了更定量地比较每种方法中的信号和噪声水平,我们为每种方法生成了H3K4me1修饰基因组位点的热图。对每个数据集进行800万reads进行比较,我们发现在所有位点中,组蛋白修饰的CUT&Tag比CUT&RUN显示出更高的信号(图2c)。两种方法都有较低的背景周围的站点。相比之下,ChIP-seq信号的动态范围非常狭窄,只有CUT&Tag信号范围的1/20左右,而且大多数位点的信号都非常弱。为了定量比较,我们使用在H3K4me1 ChIP-seq数据集上显示的定义的前10,000个峰附近,计算CUT&Tag、CUT&RUN和ChIP-seq数据集的平均read counts(图2g)。我们发现,CUT&Tag分析在这些位点上提供了更多的信号积累,这意味着CUT&Tag在区分染色质特征时最有效,所需的reads最少。 基因和调控元件的转录状态可以从组蛋白修饰模式进行推断,但基因表达可以通过分析染色质结合的RNA聚合酶II (RNAPII)直接读出。 我们使用了RNAPII的磷酸化抗体(S2/5p),用以区分参与的聚合酶。Landscapes显示RNAPII CUT&Tag在许多基因上的富集(图2a),启动子热图显示这种富集主要位于活性基因的5 "端(图2d)。 为了在不依赖于注释的情况下验证RNAPII CUT&Tag的结果,我们选择了通过碱基对分辨率PRO-seq技术获得的转录run-on数据,该技术使用一种与染色质分析无关的方法直接mapping RNAPII。PRO-seq定位了被激活的RNAPII 5 "末端的位置,并用于识别转录起始位点下游暂停的RNAPII。使用MACS2 call peak(RNAPII S2/5p CUT&Tag),并分析通过PRO-seq run-on人类K562细胞(SRA GSM1480327)的数据集。当使用RNAPII CUT&Tag 的MACS2评分排序时,PRO-seq的occupancy和RNAPII- ser2 /5p CUT&Tag的occupancy之间有密切的对应关系(图2e)。 通过CUT&Tag分析的H3K4me1修饰的重复非常相似,证明了该方法的可重复性(图3a)。当我们比较H3K27me3 CUT&Tag重复时,我们得到了相似的重现性。在先前的CUT&RUN分析实验中,我们发现与活性启动子和增强子相关的H3K4me2组蛋白修饰landscapes与ATAC-seq谱相似。因此,我们使用H3K4me2抗体进行CUT&Tag。我们发现H3K4me2在强的ATAC-seq峰时occupancies很高(图2f),read counts也很多(图2h),这意味着H3K4me2图谱能以更高的灵敏度捕获基因组中最占主导的染色质位点。 为了量化H3K4me2 CUT&Tag相对于H3K4me2 CUT&RUN、H3K4me2 ChIP-seq和ATACseq的敏感性,我们对每个方法进行了采样,并使用MACS2默认参数call peak。然后,我们评估在每一个peak里的reads比例。我们发现,CUT&RUN和CUT&Tag都比ChIP-seq或ATAC-seq有更多的reads,表明它们具有极低的信噪比(图3b)。此外,CUT&Tag在低测序深度时的峰分布更为迅速,其中~ 200万reads相当于CUT&RUN的100万reads(或ChIP-seq的2000万reads),证明了CUT&Tag的超高效率。在所有的方法中,只有CUT&Tag在峰内达到0.6的分数。因此,通过两种组蛋白修饰(H3K4me2和H3K27me3),我们将染色质landscape分为活性区和沉默区,即使测序深度相对较低。 为了确定我们是否可以使用CUT&Tag来绘制转录因子结合的图谱,我们测试了pA-Tn5在转录因子上的栓系是否可以与基因组中可接近的DNA位点区分开来。我们在CUT&Tag反应中使用了NPAT核因子的抗体,NPAT核因子是复制依赖组蛋白基因的转录辅激活因子。NPAT只结合了1号染色体和6号染色体组蛋白clusters中的约80个可接近位点,因此我们可以比较真正的结合位点和可接近位点。在NPAT CUT&Tag图谱中,约99%的read counts在组蛋白基因启动子处积累(图4a)。通过对已发表的ATAC-seq数据对应位点进行评分,我们发现较少数量的counts分布在K562基因组的可接近位点(图4b)。这可能是由于一些未栓系的pATn5与暴露的DNA原位结合造成的,但通过read覆盖的巨大差异,很容易区分抗体栓系位点与可接近位点(图4c)。事实上,通过标准算法进行call peak,NPAT CUT&Tag ~ 9000位点的数据生成一个列表,其中包括组蛋白基因启动子和10%的ATAC-defined可接近位点。虽然这只是定义的~ 54000可接近位点的一小部分,调整阈值和严格的NPAT peak calling可以提高峰检测。 为了测试CUT&Tag是否易于分析更丰富的转录因子结合位点,我们分析了CCCTC结合因子(CTCF)DNA结合蛋白。在这些实验中,我们通过改变缓冲液的严格程度来评估染色质中转录因子的置换情况。在低盐和中盐浓度条件下,我们观察到CUT&RUN和ChIPseq检测的CTCF位点的read计数(图5a),但有额外的小峰。这些额外的峰表明,未“栓系”pA-Tn5有助于这些实验的coverage。为了确定真正的CTCF结合位点是否可以通过read深度与可接近特征区分开,我们比较了高置信度CTCF位点(由peak-calling定义)的CUT&Tag read counts CUT&RUN data)到可接近位点的CUT&Tag read counts(由ATAC-seq数据peak-calling定义)。我们发现,这两种read counts分布重叠,但可接近位点的read counts低于CTCF位点(图5b)。仅基于reads深度,我们鉴别出约5600个CTCF结合位点,错误发现率为1%。比较这两类的motif富集,发现高信号motif对应CTCF motif(E-value = 2.1 × 10u221269),低信号motif不对应。 我们通过绘制以CTCF结合位点为中心的reads末端来评估CUT&Tag的分辨率。这表明CUT&Tag保护的“footprint”在CTCF motif跨越80 bp(图5c)。而从Tn5整合保护的片段大于CUT&RUN中MNase保护的约45 bp,这表明tethered转座酶产生了高分辨率的因子结合位点图。在300-500mM盐浓度的情况下,不同的盐浓度洗涤也能得到相似的footprints结果,在一定程度上降低了信噪比(图5c)。高分辨率的CUT&Tag提供了单个位点的结构细节。例如,在代表性位点对CTCF、H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3和ATAC映射的叠加,揭示了可接近的DNA、CTCF结合和修饰的邻近核小体之间的关系(图5d)。 ChIP需要大量的细胞材料,限制了它在实验和临床样品中的应用。然而,我们和其他人之前已经证明,像CUT&RUN这样的tethered分析策略具有足够的敏感性,因此分析小细胞数通常是可行的。CUT&Tag的信号改进表明,这种方法可以在有限的样本下更有效地工作。我们首先用CUT&Tag在大约1500倍范围的材料中测试了H3K27me3修饰,从100,000个细胞到60个细胞。我们从所有实验中观察到非常相似的高质量染色质谱(补充图1b),表明在少量材料的情况下仍然保持高数据质量。 CUT&Tag的优点是,从抗体结合到adapters整合的整个反应都发生在完整的细胞内。转座子酶和染色质片段仍然结合在一起,因此片段化的DNA被保留在每个细胞核内。 我们开发了一种简单的策略来生成单个细胞的染色质谱,我们称之为 单细胞CUT&Tag(scCUT&Tag) (图6a)。我们对大量K562细胞群体进行H3K27me3修饰的scCUT&Tag分析,但在步骤之间温和离心,而不是ConcanavalinA 磁珠。整合后,我们使用Takara ICELL8纳米分装系统将单个细胞分离到5184孔的纳米孔芯片里,通过对芯片成像识别包含一个或仅包含一个细胞的纳米孔。然后,我们使用两个indexed引物对每个通过的纳米孔进行文库PCR富集,最后将芯片上的所有富集文库集中到一起进行Illumina深度测序,达到高冗余,以评估每个细胞的采样和覆盖。每个孔的文库由两个索引的独特组合来区分。 单个细胞染色质图谱的聚集与大量样本中产生的图谱非常匹配(图6b),具有较高的相关性(Pearson "s r = 0.89)。每个细胞通过全基因组的reads数量进行排序,每个细胞的唯一片段都显示在tracks中。值得注意的是,单个细胞中的大多数reads都位于分析中定义的H3K27me3区域内,这表明单细胞染色质分析的高恢复率(图6b)。H3K27me3 scCUT&Tag的第二个重复证明了单细胞分析的重现性。类似地,H3K4me2修饰的单细胞图谱概括了可接近和活性染色质的基因组landscapes(图6c)。在单个细胞中,相当大一部分reads属于定义的活性和沉默染色质特征(图6d, e)。 染色质特征的广度——从H3K4me2的大约5个核小体到H3K27me3区域的数百个核小体——即使在单个细胞稀疏采样的情况下,也有助于检测染色质特征。为了评估单个细胞的染色质特征是否可以用来区分细胞类型,我们进行了H3K27me3的scCUT&Tag分析(H1细胞)。我们再次发现,很大一部分reads位于分析定义的域内(图6e),bulk数据和聚集的单细胞数据之间具有很高的相关性(Pearson"s r = 0.85)。通过比较包含HoxB结构域的2Mb区域,可以发现H1细胞中单细胞轨迹中明显的组蛋白甲基化,而K562细胞中该区域缺失(图6f)。这些全基因组模式足以高效地区分H1细胞和K562细胞。因此,染色质图谱提供了一种区分单个细胞类型的方法。 通过CUT&Tag分析染色质可以有效地揭示基因组中的调控信息。与RNA-seq仅测量基因表达不同,染色质分析在识别沉默区方面具有独特的优势,这是细胞在发育过程中的确定“cell fates”的关键方面。虽然像ATAC-seq这样的方法可以绘制出可接近位点和因子结合位点,但结合在这些位点上的特定染色质蛋白必须从motif或染色质谱数据推断出来。虽然基于ChIP的方法已广泛应用于细胞系模型,但由于交联和染色质片段化的影响,ChIP-seq对染色质的分析受到限制,因为每个实验都需要优化。同样,最近的另一种交联染色质分析方法ChIL-seq比CUT&Tag需要更多的步骤,需要3-4天来完成所有步骤。相比之下, CUT&Tag过程,像CUT&RUN一样,是一种不固定的原位方法 ,并且很容易以标准化的方法实现。这与CUT&Tag的成本效益相结合,使得它适用于可以在核心设施中实现的高通量。可以想象,用户仅提供他们的细胞和抗体的混合物,并在短短几天内收到处理的深度测序文件。由于高通量CUT&Tag的第一步是在4°C条件下进行抗体孵育,样本可以在设备中积累一夜,然后一起装载到一个96孔板上进行自动化处理,就像我们之前在AutoCUT&RUN中演示的那样。由于试剂的高效使用和更好的信噪比,CUT&Tag比AutoCUT&RUN需要每个样本更少的reads,这已经比商业化外显子组测序便宜得多。虽然这种pipeline的简单和低成本很吸引人,自动染色质分析的主要优点是最小化批次效应并处理影响,从而最大限度地再现。这些方面对于临床分析和色谱靶向药物的检测是至关重要的。 我们已经证明,CUT&Tag使用ICELL8纳米分装系统提供了高质量的单细胞图谱,该系统可以在加入试剂和PCR之前进行成像。同样,CUT&Tag也应该适用于10×Genomics系统,他们最近公布了单细胞ATAC-seq方法。由于adapters是添加在bulk里的,所以CUT&Tag对高通量单细胞平台的适应性是有可能的。在CUT&Tag数据集中,低水平的非靶向可接近DNA位点和高水平的CTCF结合位点的不同分布表明,通过对这两种预期的潜在分布建模,可以在不使用其他数据的情况下区分真实结合位点和可接近DNA位点。 这种策略的一个优点是,真实结合位点和可接近特征之间的统计差异允许在同一实验中描述两个染色质特征,其中可接近DNA位点和目标因子的结合位点可以被同时注释。 在未来,我们预计adapters的条形码将允许多个表位同时在单个细胞中进行大量的分析,最大限度地发挥单细胞表观基因组分析在发育和疾病研究中的作用。 最后,放一张ChIP-seq,CUT&RUN和CUT&Tag三种方法的比较图:
2023-07-30 06:28:581

Extra Train Station Tracks 求助大神,这个mod怎么使用

这么多mod,加上后期发展越来越大,这吃配置啊。。。。这得需要什么配置才行啊。
2023-07-30 06:29:051

win版是什么意思啊

运行环境不一样。你是什么电脑系统,就选择什么版本!
2023-07-30 06:20:224

阿房宫的传说

阿房宫名字由来 阿房原来只是朝宫前殿的名字,秦始皇本打算在整座朝宫建成之后“更择名命名之”。由于宫殿规模实在太大,虽然每天都有十几万苦役参加营建工作,但一直到秦朝灭亡时,此宫仍然没有竣工。这样,人们就它称为阿房宫了。这座宫殿为何取名叫“阿房”?历代记载分歧,说法不一,主要有以下几种观点: 第一种观点认为阿房一名是由于宫址靠近咸阳而得名的。“阿,近也,以其去咸阳近,且号阿房。” 第二种观点认为阿房一名是根据此宫“四阿旁广”的形状来命名的,阿,在古意中亦可解释为曲处、曲隅、庭之曲等。阿房宫“盘结旋绕、廊腰缦回、屈曲簇拥”的建筑结构就体现了这种“四阿房广”的风格和特点。正是由于阿房宫建筑的这种风格,在《史记·秦始皇本纪》索引中解释此宫为何称阿房宫时说:“此以其形命宫也,言其宫四阿旁广也。” 第三种观点则认为此宫所以被称为阿房宫,是因为上宫宫殿高峻,若于阿上为房。这一观点出自《汉书·贾山传》,传中的注释曰:“阿者,大陵也,取名阿房,是言其高若干阿上为房。”这就是说,阿房宫是由于宫殿建筑在大陵上而取名。从考古发掘来看,这种说法也是言之有理的。西安市郊约15公里的阿房村一带是古阿房宫的遗址所在地,从发掘的遗址可以看出,当年的阿房宫坐落在地势高峻的丘陵上,这里至今还残存着宫殿的高大地基。在阿房村村南附近,有一个宫殿遗留的大土台基,周长约31米,高约20米;在村西南还有一个据考证是阿房宫前殿遗址的高大夯土台基,东西长约1200米,南北长 500至600米,最高处约有8米。阿房宫就建在这些高峻的台基之上,恰如《汉书》所言“高若干阿上为房”。 还有一种说法,《长安志》解释为“阿”是因宫殿与山相邻,未有名,先称在阿房。这种说法出自《史记》中,阿房未成,宫成就会命名的说法。 还有一种民间离奇的传说,传说中秦王赢政爱上过一个美丽的民间女子,芳名阿房,但这段美丽的爱情终究没有换来美丽的结局,为了纪念这位他深爱过的女子,因而起名阿房宫。 由此可见,以上几种观点都是论有所据,言之成理,并又都能自圆其说。因此在没有发现更新的确实有说服力的材料以前,很难断定孰是孰非。所以,对于这座千古留名的著名宫殿当时究竟为何取名阿房,阿房的真正含义至今只能说仍是个没有定论的历史之谜。
2023-07-30 06:20:221

counterpart是什么意思

对方
2023-07-30 06:20:232

国家的的英文怎么写?

问题一:各个国家的英语怎么写 法国 frence, 法国人&法语french, 首都Paris 美础America或USA, 美国人American 语言 English 首都Washington 澳大利亚Australia 澳大利亚人Australia 语言 English 首都Canberra 新加坡Singapore人Singaporean 语言English&Chinese首都Singaporean 英国:Britain 英国人British 语言English 首都London 加拿大Canada 加拿大人Canadian 语言English&French 首都Ottawa 日本: Japan, 日语&日本人 Japanese,首都 Tokyo 问题二:国家的缩写英文是什么 国家有cou功try 和nation 缩写的话应该是 N. 最好有具体的例子才好说明哦 问题三:各个国家的英文 America 美国,美洲 Arab *** 人 Australia澳洲,澳大利亚 Austria 奥地利 Britain英国 Canada 加拿大 China 中国 Egypt 埃及 England英国 F骇ance 法国 Germany德国 Greece 希腊 Holland 荷兰 India 印度 Ireland 爱尔兰 Italy 意大利 Japan日本 Spain 西班牙 Sweden 瑞典 Swiss 瑞士人 Switzerland瑞士 Brazil巴西 Finland芬兰 Norway 挪威 Russia 俄国 Belgium 比利时 祝开心~ 问题四:各国家的名字英文翻译 中国 China 英国 the UK 美国 The USA 法国 France 日本 Japan 希腊 Greece 法国 France 德国 Germany 意大利 Italy 新加坡 Singapore 新西兰 New Zealand 印度 India 埃及 Egypt 爱尔兰 Ireland 奥地利 Austria 澳大利亚 Australia 巴基斯坦 Pakistan 巴西 Brazil 比利时 Belgium加拿大 Canada 韩国 Korea 墨西哥 Mexico 问题五:世界主要国家名字的英文翻译 如美国日本等 America;U.S.;U.S.A.;USA;United States;United States of America美国 American美国人;美国英语 Britain;England;the United Kingdom (the United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland)简写the UK 英国 English英语 France法国 French法语;法国人 Japan日本 Japanese日语;日本人 Corea;Korea韩国 Corean;Korean韩语;韩国人 Singapore梗加坡 Singaporean新加坡人 u30fbu30fbu30fbu30fbu30fbu30fb太多了,网上能查到的,自己查吧。 祝好! 问题六:国家用英语怎么写 country 英 [?k?ntri] 美 [?k?ntri] n. 国家; 乡下; 国民; 地区 Indonesia is the fourth most populous country in the world. 印度尼西亚是世界上第四大人口大国。 问题七:各个国家的英语怎么写 法国 frence, 法国人&法语french, 首都Paris 美础America或USA, 美国人American 语言 English 首都Washington 澳大利亚Australia 澳大利亚人Australia 语言 English 首都Canberra 新加坡Singapore人Singaporean 语言English&Chinese首都Singaporean 英国:Britain 英国人British 语言English 首都London 加拿大Canada 加拿大人Canadian 语言English&French 首都Ottawa 日本: Japan, 日语&日本人 Japanese,首都 Tokyo 问题八:中国用英语怎么写? 中国: China 中国人: Chinese 你要记住:小写的“china”是“瓷器”,全大写的“CHINA”是错误的。国家和地名的开头字母都需要是大写。 问题九:中国的英文单词怎么写? china China,现为“中华”和“瓷器”的英文译名。瓷器最初的称呼是“Chinaware”,直译:中华器物、中华货品[1] ,后省略ware,称呼瓷器为china。由此可知瓷器的意思远远晚于China作为中华的意义。所以China最初的意思就是:中华
2023-07-30 06:20:231

手机照相中的iso是什么意思?

首先纠正一楼,iso不是感光度的意思,而是对感光度做了量化规定。iso是对光线感应的速度单位。从菜鸟的角度来讲,iso越高对光线就越敏感也就是说晚上有一点的光线拍出来效果都会很亮,iso越低对光线越不敏感。所以晚上如果想拍东西而又没有闪光灯的时候最好把iso指数调高一点,白天iso指数高会使照片过度曝光,看起来发灰发白 回答完毕 还有不明白的吗?
2023-07-30 06:20:246

阿房宫的来历

http://baike.baidu.com/view/8492.htm
2023-07-30 06:20:322

counterparts是什么意思

counterparts 英["kau028antu0259pɑ:ts]美["kau028antu0259pɑ:ts]n. 与对方地位相当的人,与另一方作用相当的物( counterpart的名词复数 ); 同仁;[网络] 对手; 同行; 对应物;[例句]Councils are joining up with their European counterparts.这些委员会将与欧洲的委员会结成联盟。
2023-07-30 06:20:321

China在英语格子里该怎么写?

China 国家名 开头字母大写China 瓷器 开头字母小写
2023-07-30 06:20:332

电脑win键是哪个键?

可以参考下图红框位置
2023-07-30 06:20:392

counterpart是什么意思

n.副本; 配对物; 相对物; 极相似的人或物;
2023-07-30 06:20:163

阿房宫是哪个朝代的建筑

2023-07-30 06:20:143

“玫瑰是红的,紫罗兰是蓝的… …”这好象是一首诗,谁知道后面的是什么?

《Roses Are Red》 (My Love)Roses are red, my loveA long, long time ago On graduation day You handed me your book I signed this way: "Roses are red, my love. Violets are blue. Sugar is sweet, my love. But not as sweet as you."We dated through high school. And when the big day came, I wrote into your book, next to my name: "Roses are red, my love. Violets are blue. Sugar is sweet, my love. But not as sweet as you."Then I went far away And you found someone new I read your letter dear And I wrote back to you: "Roses are red, my love. Violets are blue. Sugar is sweet, my love. But luck may god bless you."Is that your little girl? She looks a lot like you. Someday some boy will write in her book, too. "Roses are red, my love. Violets are blue. Sugar is sweet, my love. But not as sweet as you."
2023-07-30 06:20:131

英文惊喜怎么读?

惊喜的英文是surprise。发音:英 [su0259"prau026az],美 [su0259r"prau026az]    释义:n. 惊奇;惊喜;惊讶;突然vt. 使惊奇;使惊喜;突然袭击;惊讶地发现例句:It was a great surprise to learn of her marriage.翻译:得知她结婚是一件十分令人惊喜的事。surprise的用法1、surprise是及物动词,其宾语常是人称代词。接名词、代词或以现在分词充当补足语的复合宾语。2、surprise后接介词at表示“对…感到惊讶”; 后接介词from表示“出其不意使…说了”; 后接介词into表示“出其不意地使人…”; 后接介词with表示“以…使(某人)惊奇”。3、surprise的现在分词和过去分词都可用作形容词,在句中作表语或定语。
2023-07-30 06:20:101

中国的英文字母怎么写

中国的英文字母China
2023-07-30 06:20:084

latex里面百分比符号(%)怎么打

前面加个斜杠,即“\%”.
2023-07-30 06:20:061

关于介绍阿房宫的导游词

传说中秦王赢政爱上过一个美丽的民间女子,芳名阿房,但这段美丽的爱情终究没有换来美丽的结局,为了纪念这位他深爱过的女子,秦始皇不惜耗费巨大的人力物力修建了极度奢华的阿房宫;数十年后,楚霸王项羽入关推翻秦朝暴政,听说爱妾虞姬被擒,一时恼怒移恨于物,竟一把火烧掉阿房宫,大火烧了整整三个月,方圆百里尽成灰烬。如同美女般风华绝代的阿房宫就这样结束了它来去匆匆而又凝聚着无数血泪和情愁的生命。美丽的故事并不都是喜剧,阿房宫就以它悲情的色彩沉淀了它的美丽。千年已逝的今天,我们依然能从它的遗址中感觉到它摄人心魄的壮观。“覆压三百余里,隔离天日。骊山北构而西折,直走咸阳。二川溶溶,流入宫墙。五步一楼,十步一阁;廊腰缦回,檐牙高啄;各抱地势,钩心斗角”,这时是唐代著名诗人杜牧在《阿房宫赋》对阿房宫会心的描写,其实杜牧见到的也只是阿房宫遗址的残垣断壁,可见阿房宫的气势何等宏伟!现在阿房宫这座秦王朝的巨大宫殿已成为全国重点文物保护单位,遗址在今西安西郊15千米的阿房村一带。据记载,秦始皇统一全国后,国力日益强盛,国都咸阳人口增多。始皇三十五年(前212年),在渭河以南的上林苑中开始营造朝宫,即阿房宫。由于工程浩大,始皇在位时只建成一座前殿。《史记·秦始皇本纪》中这样形容当时的阿房宫:“前殿阿房东西五百步,南北五十丈,上可以坐万人,下可以建五丈旗,周驰为阁道,自殿下直抵南山,表南山之巅以为阙,为复道,自阿房渡渭,属之咸阳。”其规模之大,劳民伤财之巨,可以想见。秦始皇死后,秦二世胡亥继续修建。今阿房村南附近,有一座大土台基,周长约310米,高约20米,全用夯土筑起,当地人称为“始皇上天台”。阿房村西南附近,夯土不断,形成长方形台地,面积约26万平方米,当地称为“眉坞岭”。这两处地方是阿房宫遗址内最显著的建筑遗迹。如今在西安西郊同样有一座翻修后的秦阿房宫,它是在阿房宫遗址上兴建的,艺术地再现阿房宫前殿、兰池宫、六国宫室、长廊、卧桥、磁石门、祭地合等众多建筑,气势宏伟,锦锈壮观。充分体现了《阿房宫赋》中所渲绘的“五步一楼,十步一阁;廊腰缦回,檐牙高啄;各抱地势,钩心斗角……二川溶溶,流入宫墙”的景象。在殿阁内外演出《秦皇登基大典》、《派将出证》、《横扫六合》、《荆柯刺秦》、《徐福东渡》、《秦皇选妃》、《七国宫女舞蹈》等大型节目。节假日,施放宫廷焰火。使游人充分领略“歌合暖响,舞殿冷袖”的秦宫古韵。同时有文物展览、娱乐垂钓、宫廷餐饮、休闲渡假、皇宫龙舟等服务。苑区内外楼阁辉映,水波碧翠,巨殿晚照,钟鼓交鸣,朝歌暮舞,肴馔飘香,秦风秦韵,使人陶醉。今日到此一游,体会古时阿房的凄美和今日阿房的妩媚。
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win是什么意思

win是windows微标键。简称“Winkey”或“Win键”,是在计算机键盘左下角 Ctrl 和 Alt 键之间的按键,台式机全尺寸键盘的主键盘区右下角往往也有一个 (一般和一个功能相当于鼠标右键的快捷菜单按键在一起),图案是Microsoft Windows的视窗徽标。win是windows操作系统的简称,本质上是一个程序。Microsoft Windows,是美国微软公司研发的一套操作系统,它问世于1985年,起初仅仅是Microsoft-DOS模拟环境,后续的系统版本由于微软不断的更新升级,不但易用,也慢慢的成为家家户户人们最喜爱的操作系统。常见的电脑系统:1、windows操作系统windows操作系统是由微软公司开发,大多数用于常用的台式电脑和笔记本电脑,是应用最广泛的操作系统。2、UNIX操作系统Unix系统,是一款付费系统,是资格最老的一款电脑操作系统,诞生于上世纪70年代。unix系统的安全性,在这几个操作系统中是最高的。3、linux操作系统linux算是UNIX的下一代,继承了UNIX的许多特性,还加入了一些新的功能。linux系统占用硬件资源比较少,是开源的,免费的。
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